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aegeansea金虫 (小有名气)
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基因组上snp位点分布的随机性如何检验？
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我正在分析基因组上的snp位点。 现在有几千个snp位点，分布在染色体上1~10,000,000区间内，分别为899,1002,4886等这些位点。 我想检验这些snp的分布是否是完全随机的（例如1~1000区间内有2个snp，2000~3000内还有snp这种随机，而不是指正态分布），还是在某些位置有聚集，而在另一些位置稀少。这该用何种算法实现呢？ 有如何运用R语言或者perl语言实现呢？ 请高手指点。多谢多谢 |
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yangsh_nj
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2楼2012-03-25 08:25:30
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3楼2012-03-25 08:33:22
【答案】应助回帖
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zhaohq1209: 金币+3, 列出了参考文献，鼓励哈~回帖时间有点晚啦~lz已经没有金币奖励了~送你3个吧 2012-03-27 07:10:14
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Random your string in R by "sample" about 10000 times and you will get a random data set then calculate the density distribution (obv/exp); fano factor or use other methods. Maybe this paper will be helpful LERCHER M J, URRUTIA A O, HURST L D. Clustering of housekeeping genes provides a unified model of gene order in the human genome [J]. nature genetics, 2002, 31(2): 180‐3. |
4楼2012-03-25 16:00:16
