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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 基因组上snp位点分布的随机性如何检验？
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aegeansea

金虫 (小有名气)

[求助] 基因组上snp位点分布的随机性如何检验？

我正在分析基因组上的snp位点。
现在有几千个snp位点，分布在染色体上1~10,000,000区间内，分别为899,1002,4886等这些位点。
我想检验这些snp的分布是否是完全随机的（例如1~1000区间内有2个snp，2000~3000内还有snp这种随机，而不是指正态分布），还是在某些位置有聚集，而在另一些位置稀少。这该用何种算法实现呢？
有如何运用R语言或者perl语言实现呢？

请高手指点。多谢多谢
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1楼 2012-03-19 10:55:37
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yangsh_nj

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
aegeansea: 金币+5, ★★★很有帮助, 非常感谢 2012-03-25 18:50:07
The P value 的计算就是根据你的实际观察值在单独的每一个window（假定为n）与你随机模拟10000次的这个window所有的值进行比较，看有多少各个值比你观察的值还大（假定为m个），则p=(m+1)/10001。假定m=0，即随机10000次没有一个值比你的观测值还大的话，说明你的snp在这个window不随机分布的概率p<0.0001。以此类推
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3楼2012-03-25 08:33:22
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yangsh_nj

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
aegeansea: 金币+5, 非常感谢 2012-03-25 18:49:57
利用随机模型，根据你SNP的数量，随机模拟10000次，以此为基础，划分window来进行检验就行。就用perl随机生成函数即可。
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2楼2012-03-25 08:25:30
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genomelin

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhaohq1209: 金币+3, 列出了参考文献，鼓励哈~回帖时间有点晚啦~lz已经没有金币奖励了~送你3个吧 2012-03-27 07:10:14
Random your string in R by "sample" about 10000 times
and you will get a random data set
then calculate the density distribution (obv/exp);
fano factor
or use other methods.
Maybe this paper will be helpful
LERCHER M J, URRUTIA A O, HURST L D. Clustering of housekeeping genes provides a unified model of gene order in the human genome [J]. nature genetics, 2002, 31(2): 180‐3.
赞一下(3人) 回复此楼
4楼2012-03-25 16:00:16
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