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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 如何定位质粒整合到基因组的位点
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dazhen9527

新虫 (小有名气)

[求助] 如何定位质粒整合到基因组的位点

我把一个温敏性质粒随机整合到基因组上面了，请问各位有什么办法能定位质粒整合的位点吗，求详解，谢谢！
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justdoit
1楼2013-06-09 15:23:45
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banana08162707

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
dazhen9527: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-06-10 19:18:57
可是试一试下面的方面：
先扩增出来你质粒上的抗性标记。然后以抗性标记中的一段设计上游引物，下游引物使用随机引物，多试几条。
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2楼2013-06-09 15:43:14
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dazhen9527

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by banana08162707 at 2013-06-09 15:43:14
可是试一试下面的方面：
先扩增出来你质粒上的抗性标记。然后以抗性标记中的一段设计上游引物，下游引物使用随机引物，多试几条。

谢谢您的耐心回答，我的质粒是已知的，所以上面的抗性标记也是已知的的，这样可以直接设计引物，但是下游随机引物该怎么设计呢？
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justdoit
3楼2013-06-10 19:18:30
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jinkui960

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
dazhen9527: 金币+3, ★有帮助, 谢谢 2013-06-13 18:11:24
如果宿主的基因组序列已知的话，可以利用染色体步移（genome walking, DNA walking）的方法扩增质粒插入位点附近的核苷酸序列，在质粒上设计三个巢式引物，利用DNA walking试剂盒就可以扩增得到质粒插入基因组位点的序列，通过Genome Blast工具就可以知道质粒插入基因组的位置！
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4楼2013-06-11 21:28:07
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