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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 请教一个关于SNP分型的问题
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fenheyue

银虫 (小有名气)

[求助] 请教一个关于SNP分型的问题

各位大侠，我用affymetrix公司对一个个体进行分型，得到分型的结果如下：
Probe Set ID        Chro         Chro Position          Genotype             Base Calls
AX-75183728        1         72709827           BB                      GG
该SNP位点在1号染色体上的72709827位置上，基因型位AB，两个等位基因分别为A和G，而且已知该位点侧翼序列为AGAGTGGCACCACACAGCTGAGGAGCCCACCACTG[A/G]TTGCAGTACTCCAGATATGACCTCAGTAGGACAGA（方括号内为设计该SNP时的两个等位基因），我的问题是如何获得该SNP位点处参考基因组上的碱基序列呢？我想知道我的这个个体在此处发生的是什么突变，比如如果参考基因组此处的碱基是T的话，那我就知道这个个体发生了T->G的突变。
PS：有一种方法是直接用侧翼序列blast，但是我要知道每个SNP点上参考基因组的碱基，所以有什么快速的方法？
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做一个有主见的人！
1楼 2013-09-22 22:15:33
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
TAIR上都有相应的工具。
大量的话，去ftp://ftp.arabidopsis.org/home/tair/Sequences/whole_chromosomes/下载全部染色体序列，然后写个程序根据染色体和位置来得到相应的序列。
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2楼2013-09-23 03:51:07
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fenheyue

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2013-09-23 03:51:07
TAIR上都有相应的工具。
大量的话，去ftp://ftp.arabidopsis.org/home/tair/Sequences/whole_chromosomes/下载全部染色体序列，然后写个程序根据染色体和位置来得到相应的序列。

我做的物种不是拟南芥耶。。。。
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做一个有主见的人！
3楼2013-09-25 21:54:49
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
引用回帖:
3楼: Originally posted by fenheyue at 2013-09-25 21:54:49
我做的物种不是拟南芥耶。。。。...

那是什么物种？
其实基本思路是一样的
下载整个基因组，然后编程获得序列

或者用
bioperl直接从数据库调
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4楼2013-09-26 18:07:07
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fenheyue

银虫 (小有名气)
bioperl上有现成的可以用吗
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做一个有主见的人！
5楼2013-09-26 20:40:38
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