| 查看: 1247 | 回复: 4 | ||
fenheyue银虫 (小有名气)
|
[求助]
请教一个关于SNP分型的问题
|
|
各位大侠，我用affymetrix公司对一个个体进行分型，得到分型的结果如下： Probe Set ID Chro Chro Position Genotype Base Calls AX-75183728 1 72709827 BB GG 该SNP位点在1号染色体上的72709827位置上，基因型位AB，两个等位基因分别为A和G，而且已知该位点侧翼序列为AGAGTGGCACCACACAGCTGAGGAGCCCACCACTG[A/G]TTGCAGTACTCCAGATATGACCTCAGTAGGACAGA（方括号内为设计该SNP时的两个等位基因），我的问题是如何获得该SNP位点处参考基因组上的碱基序列呢？我想知道我的这个个体在此处发生的是什么突变，比如如果参考基因组此处的碱基是T的话，那我就知道这个个体发生了T->G的突变。 PS：有一种方法是直接用侧翼序列blast，但是我要知道每个SNP点上参考基因组的碱基，所以有什么快速的方法？ |
回复此楼» 猜你喜欢
292求调剂
已经有8人回复
-
求调剂
已经有4人回复
-
一志愿 西北大学 总分282 英语一62 求调剂
已经有3人回复
-
调剂310
已经有4人回复
-
北科281学硕材料求调剂
已经有16人回复
-
一志愿上海交大生物与医药专硕324分，求调剂
已经有6人回复
-
一志愿哈工大，085400，320，求调剂
已经有4人回复
-
316求调剂
已经有9人回复
-
085600 材料与化工 329分求调剂
已经有8人回复
-
0856求调剂
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- SNP和genotype之间到底是什么关系
已经有9人回复
- 关于SSR引物多态性的求助
已经有3人回复
- 关于SNP测定中位点的概念，新手问题
已经有3人回复
- 测序结果中出现一个Gap怎么办
已经有6人回复
- SNP与点突变有何区别？求高人指导
已经有8人回复
- 随机的一组数据，如何计算出一个值，能表示这组数据的通用性
已经有4人回复
- 请教一个积分用留数定理计算的问题
已经有15人回复
- 帮忙看一下一个有关SNP的测序结果图！
已经有4人回复
- 请教一个关于卡方检验样本规模的问题
已经有5人回复
- 基因组上snp位点分布的随机性如何检验？
已经有3人回复
- 请教一个关于优青申请书中关于个人简介的问题
已经有8人回复
- 一个关于全基因组测序的问题
已经有6人回复
- SNP标记与SSR标记
已经有12人回复
- 请教一个关于测序峰图的问题
已经有5人回复
- 【求助/交流】HRM技术的几个问题
已经有23人回复
- 【求助】请教一个关于解方程的问题
已经有8人回复
- 【请教】请教一个关于图片精度的问题
已经有6人回复
- 【原创】HRM技术应用于SNP、突变和甲基化检测
已经有17人回复
wizardfan
至尊木虫 (著名写手)
- BioEPI: 18
- 应助: 599 (博士)
- 贵宾: 1.818
- 金币: 24632.2
- 散金: 197
- 红花: 48
- 沙发: 2
- 帖子: 2254
- 在线: 400.7小时
- 虫号: 1879241
- 注册: 2012-07-05
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
|
TAIR上都有相应的工具。 大量的话，去ftp://ftp.arabidopsis.org/home/tair/Sequences/whole_chromosomes/下载全部染色体序列，然后写个程序根据染色体和位置来得到相应的序列。 |
2楼2013-09-23 03:51:07
fenheyue
银虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1209.4
- 帖子: 171
- 在线: 51.9小时
- 虫号: 2176022
- 注册: 2012-12-09
- 性别: GG
- 专业: 遗传学与生物信息学
3楼2013-09-25 21:54:49
wizardfan
至尊木虫 (著名写手)
- BioEPI: 18
- 应助: 599 (博士)
- 贵宾: 1.818
- 金币: 24632.2
- 散金: 197
- 红花: 48
- 沙发: 2
- 帖子: 2254
- 在线: 400.7小时
- 虫号: 1879241
- 注册: 2012-07-05
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
4楼2013-09-26 18:07:07
fenheyue
银虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1209.4
- 帖子: 171
- 在线: 51.9小时
- 虫号: 2176022
- 注册: 2012-12-09
- 性别: GG
- 专业: 遗传学与生物信息学
5楼2013-09-26 20:40:38
6