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fenheyue银虫 (小有名气)
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请教一个关于SNP分型的问题
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各位大侠，我用affymetrix公司对一个个体进行分型，得到分型的结果如下： Probe Set ID Chro Chro Position Genotype Base Calls AX-75183728 1 72709827 BB GG 该SNP位点在1号染色体上的72709827位置上，基因型位AB，两个等位基因分别为A和G，而且已知该位点侧翼序列为AGAGTGGCACCACACAGCTGAGGAGCCCACCACTG[A/G]TTGCAGTACTCCAGATATGACCTCAGTAGGACAGA（方括号内为设计该SNP时的两个等位基因），我的问题是如何获得该SNP位点处参考基因组上的碱基序列呢？我想知道我的这个个体在此处发生的是什么突变，比如如果参考基因组此处的碱基是T的话，那我就知道这个个体发生了T->G的突变。 PS：有一种方法是直接用侧翼序列blast，但是我要知道每个SNP点上参考基因组的碱基，所以有什么快速的方法？ |
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【答案】应助回帖
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TAIR上都有相应的工具。 大量的话，去ftp://ftp.arabidopsis.org/home/tair/Sequences/whole_chromosomes/下载全部染色体序列，然后写个程序根据染色体和位置来得到相应的序列。 |
2楼2013-09-23 03:51:07
fenheyue
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