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关于SSR引物多态性的求助
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| 我是做小麦抗病基因定位的，做的是SSR引物，目前筛选出四条引物，但其中三条并不是共显性的引物，更奇怪的的是，我定位的是显性基因，其中两条引物的带型很奇怪，纯和抗是一个带型，杂合和纯和感是相同一个带型，而我平时从文献里看到的一般都是共显性表现的是纯和抗一个带型，纯合感一个带型，杂合是组合带。要不就是显性标记，纯合抗和杂合抗是一个带型，纯和感无带啊。我表示很疑惑啊，并且我看别人筛选的共显性的都比较多，显性的SSR都很少，可是目前我只有一个是共显性的，会不会最后算下来都不连锁哦？！那不是很悲惨。。。。哎，，，，求大侠救我！ |
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【答案】应助回帖
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qianpeng1111: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2013-04-15 21:20:45
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖应助！ 2013-04-29 14:38:10
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这种奇怪的现象是不同基因型pcr扩增效率差异大造成的。就是抗性基因型扩增效率较低，在纯和状态，无效率更高的感病基因型模板竞争，能正常扩增。在杂合状态，竞争造成抗性基因型基本无扩增，表现出感病纯和带型。这种标记只能当成感病显性标记。扩增效率差异大，有可能是ssr重复次数差异太大造成，也可能是引物序列部分不保守造成的，前者基本无望改进，后者可通过测序后重设计引物解决。至于标记显性还是共显性，这与连锁与否关系不大，只是显性标记在基因定位时，缺少三分之二的信息量，造成遗传距离计算分辨率降低 [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ] |
2楼2013-04-13 21:27:26
3楼2013-04-15 21:22:23
4楼2013-04-16 08:54:31