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qianpeng1111

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于SSR引物多态性的求助

我是做小麦抗病基因定位的,做的是SSR引物,目前筛选出四条引物,但其中三条并不是共显性的引物,更奇怪的的是,我定位的是显性基因,其中两条引物的带型很奇怪,纯和抗是一个带型,杂合和纯和感是相同一个带型,而我平时从文献里看到的一般都是共显性表现的是纯和抗一个带型,纯合感一个带型,杂合是组合带。要不就是显性标记,纯合抗和杂合抗是一个带型,纯和感无带啊。我表示很疑惑啊,并且我看别人筛选的共显性的都比较多,显性的SSR都很少,可是目前我只有一个是共显性的,会不会最后算下来都不连锁哦?!那不是很悲惨。。。。哎,,,,求大侠救我!
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yunbfly

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
qianpeng1111: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2013-04-15 21:20:45
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖应助! 2013-04-29 14:38:10
这种奇怪的现象是不同基因型pcr扩增效率差异大造成的。就是抗性基因型扩增效率较低,在纯和状态,无效率更高的感病基因型模板竞争,能正常扩增。在杂合状态,竞争造成抗性基因型基本无扩增,表现出感病纯和带型。这种标记只能当成感病显性标记。扩增效率差异大,有可能是ssr重复次数差异太大造成,也可能是引物序列部分不保守造成的,前者基本无望改进,后者可通过测序后重设计引物解决。至于标记显性还是共显性,这与连锁与否关系不大,只是显性标记在基因定位时,缺少三分之二的信息量,造成遗传距离计算分辨率降低

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
2楼2013-04-13 21:27:26
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qianpeng1111

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yunbfly at 2013-04-13 21:27:26
这种奇怪的现象是不同基因型pcr扩增效率差异大造成的。就是抗性基因型扩增效率较低,在纯和状态,无效率更高的感病基因型模板竞争,能正常扩增。在杂合状态,竞争造成抗性基因型基本无扩增,表现出感病纯和带型。这 ...

谢谢了,那我想问一下,这种引物能够用于遗传距离的计算吗?因为我总共才筛选出4对引物,其中两对是这种类型的。
3楼2013-04-15 21:22:23
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yunbfly

木虫 (小有名气)

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2013-04-29 14:38:22
引用回帖:
3楼: Originally posted by qianpeng1111 at 2013-04-15 21:22:23
谢谢了,那我想问一下,这种引物能够用于遗传距离的计算吗?因为我总共才筛选出4对引物,其中两对是这种类型的。...

可以计算的。只是准确性没共显性的高。只能根据隐性纯合基因型单株计算了,因为你无法计算显性纯合和显性杂合之间的重组事件,所以得出的重组率肯定是偏低的。现在这些定位软件采用的算法我不太清楚,但估计对于这种情况,会有一个估计值去补偿这种偏低的重组率。
4楼2013-04-16 08:54:31
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