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关于SSR引物多态性的求助
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| 我是做小麦抗病基因定位的,做的是SSR引物,目前筛选出四条引物,但其中三条并不是共显性的引物,更奇怪的的是,我定位的是显性基因,其中两条引物的带型很奇怪,纯和抗是一个带型,杂合和纯和感是相同一个带型,而我平时从文献里看到的一般都是共显性表现的是纯和抗一个带型,纯合感一个带型,杂合是组合带。要不就是显性标记,纯合抗和杂合抗是一个带型,纯和感无带啊。我表示很疑惑啊,并且我看别人筛选的共显性的都比较多,显性的SSR都很少,可是目前我只有一个是共显性的,会不会最后算下来都不连锁哦?!那不是很悲惨。。。。哎,,,,求大侠救我! |
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【答案】应助回帖
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qianpeng1111: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2013-04-15 21:20:45
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖应助! 2013-04-29 14:38:10
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这种奇怪的现象是不同基因型pcr扩增效率差异大造成的。就是抗性基因型扩增效率较低,在纯和状态,无效率更高的感病基因型模板竞争,能正常扩增。在杂合状态,竞争造成抗性基因型基本无扩增,表现出感病纯和带型。这种标记只能当成感病显性标记。扩增效率差异大,有可能是ssr重复次数差异太大造成,也可能是引物序列部分不保守造成的,前者基本无望改进,后者可通过测序后重设计引物解决。至于标记显性还是共显性,这与连锁与否关系不大,只是显性标记在基因定位时,缺少三分之二的信息量,造成遗传距离计算分辨率降低 [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ] |
2楼2013-04-13 21:27:26
3楼2013-04-15 21:22:23
4楼2013-04-16 08:54:31












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