应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 微卫星SSR引物设计
111/2返回列表12下一页
查看: 3919  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

yf8541255

铁虫 (初入文坛)

[交流] 微卫星SSR引物设计 已有9人参与

我在做一种植物的微卫星引物开发，现在已经对单克隆测序拿到了序列，利用SSR Hunter 也已经找到了SSR序列，现在想用primer primer5.0设计引物。
我是这方面的初学者，不太了解这个软件，想知道在设计引物的时候如何知道SSR片段两端的保守序列呢？
以下是我通过SSR Hunter 获得的其中一个SSR序列，有没有行家给讲解一下

TC  重复次数： 10    起始位置： 17701
17551tcatagaaatgggcggttggatcctccccttcaaatctccttctctctgcgtccaagactaatccaaaaaatcaggaatctagggtttgcttctcgctaatggccgacttcaactccttcgccccactgcagtaaagccagtgcggctgaTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCgatctctcgagctggaagcaatggcggccgacgtatcggtgagttctgaggcggtcaagccgtgctgtgcgaaggtatgaatttctgggctttgtttgaattcttgtttcgagtttgttcaattggtgttcgatctcgaggttgggctga 17870
回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

dazey

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
路人甲
1楼 2011-05-17 17:54:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

xiao_v

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
一般来说上下游150BP就可以，你可以在primer5.0把SRR序列的上面150BP 和下游150BP 复制到软件中直接设计就可以了。SSR比较好出目的条带。上下游温度差不多50-55这样。3‘端别是A。 其他的尽量别有错配，和二聚体就OK了。可以有聚丙酰胺凝胶电泳看下目的片段，如果不清楚就引物结合温度，如果有很多杂带就升高温度。检测的时候要用不是家系的群体跑。
赞一下(2人) 回复此楼
8楼2013-04-09 16:26:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dazey

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
LZ，请您给讲讲怎么开发SSR引物啊？ 我已经有了SSR 序列，就只等引物设计了，有没有软件？一条条设计太麻烦了，我有1000多条序列呢
赞一下(2人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

果汁123
6楼2012-07-20 16:37:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

liugs

禁虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
2楼2011-05-18 08:15:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

niuzheng

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
很头痛哦，要是不行再叫公司做对引物，还不行再做对引物。多麻烦啊。
赞一下(1人) 回复此楼
要一步一步的向前走啊。
3楼2011-10-23 16:28:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wxq999

新虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
西瓜:编辑内容 2011-10-24 17:26
西瓜(金币-10): 2011-10-24 17:27:11
-------------广告内容--------------------

[ Last edited by 西瓜 on 2011-10-24 at 17:26 ]
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-10-24 17:05:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Nancybicy

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
在重复序列的两端各150bp就认为是保守序列，直接在里面设计引物就好了
赞一下 回复此楼
5楼2012-02-22 14:01:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

magy2006

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我对这个问题也比较感兴趣，期待有好的答复
赞一下 回复此楼
7楼2013-04-09 16:03:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiao_v

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我给你设计了下引物你看下
S: 5'  CCAAGACTAATCCAAAAAATCAG  3'

A:5'  ACCGCCTCAGAACTCACC  3'
可以试试可以吗。
赞一下 回复此楼
9楼2013-04-09 16:33:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

173734022

禁虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
10楼2015-09-11 15:29:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yf8541255 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭