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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 微卫星SSR引物设计
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yf8541255

铁虫 (初入文坛)

[交流] 微卫星SSR引物设计 已有9人参与

我在做一种植物的微卫星引物开发，现在已经对单克隆测序拿到了序列，利用SSR Hunter 也已经找到了SSR序列，现在想用primer primer5.0设计引物。
我是这方面的初学者，不太了解这个软件，想知道在设计引物的时候如何知道SSR片段两端的保守序列呢？
以下是我通过SSR Hunter 获得的其中一个SSR序列，有没有行家给讲解一下

TC  重复次数： 10    起始位置： 17701
17551tcatagaaatgggcggttggatcctccccttcaaatctccttctctctgcgtccaagactaatccaaaaaatcaggaatctagggtttgcttctcgctaatggccgacttcaactccttcgccccactgcagtaaagccagtgcggctgaTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCgatctctcgagctggaagcaatggcggccgacgtatcggtgagttctgaggcggtcaagccgtgctgtgcgaaggtatgaatttctgggctttgtttgaattcttgtttcgagtttgttcaattggtgttcgatctcgaggttgggctga 17870
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dazey

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路人甲
1楼 2011-05-17 17:54:52
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xiao_v

铁虫 (初入文坛)
★
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一般来说上下游150BP就可以，你可以在primer5.0把SRR序列的上面150BP 和下游150BP 复制到软件中直接设计就可以了。SSR比较好出目的条带。上下游温度差不多50-55这样。3‘端别是A。 其他的尽量别有错配，和二聚体就OK了。可以有聚丙酰胺凝胶电泳看下目的片段，如果不清楚就引物结合温度，如果有很多杂带就升高温度。检测的时候要用不是家系的群体跑。
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8楼2013-04-09 16:26:49
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dazey

新虫 (小有名气)
★
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LZ，请您给讲讲怎么开发SSR引物啊？ 我已经有了SSR 序列，就只等引物设计了，有没有软件？一条条设计太麻烦了，我有1000多条序列呢
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果汁123
6楼2012-07-20 16:37:33
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liugs

禁虫 (正式写手)
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2楼2011-05-18 08:15:05
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niuzheng

银虫 (小有名气)
★
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很头痛哦，要是不行再叫公司做对引物，还不行再做对引物。多麻烦啊。
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要一步一步的向前走啊。
3楼2011-10-23 16:28:16
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wxq999

新虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
西瓜:编辑内容 2011-10-24 17:26
西瓜(金币-10): 2011-10-24 17:27:11
-------------广告内容--------------------

[ Last edited by 西瓜 on 2011-10-24 at 17:26 ]
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4楼2011-10-24 17:05:52
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Nancybicy

新虫 (初入文坛)
★
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在重复序列的两端各150bp就认为是保守序列，直接在里面设计引物就好了
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5楼2012-02-22 14:01:17
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magy2006

木虫 (著名写手)
★
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我对这个问题也比较感兴趣，期待有好的答复
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7楼2013-04-09 16:03:31
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xiao_v

铁虫 (初入文坛)
★
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我给你设计了下引物你看下
S: 5'  CCAAGACTAATCCAAAAAATCAG  3'

A:5'  ACCGCCTCAGAACTCACC  3'
可以试试可以吗。
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9楼2013-04-09 16:33:57
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173734022

禁虫 (著名写手)
★
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10楼2015-09-11 15:29:21
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