应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 微卫星SSR引物设计
汕头大学海洋科学接受调剂
111/2返回列表12下一页
查看: 3837  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

yf8541255

铁虫 (初入文坛)

[交流] 微卫星SSR引物设计 已有9人参与

我在做一种植物的微卫星引物开发，现在已经对单克隆测序拿到了序列，利用SSR Hunter 也已经找到了SSR序列，现在想用primer primer5.0设计引物。
我是这方面的初学者，不太了解这个软件，想知道在设计引物的时候如何知道SSR片段两端的保守序列呢？
以下是我通过SSR Hunter 获得的其中一个SSR序列，有没有行家给讲解一下

TC  重复次数： 10    起始位置： 17701
17551tcatagaaatgggcggttggatcctccccttcaaatctccttctctctgcgtccaagactaatccaaaaaatcaggaatctagggtttgcttctcgctaatggccgacttcaactccttcgccccactgcagtaaagccagtgcggctgaTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCgatctctcgagctggaagcaatggcggccgacgtatcggtgagttctgaggcggtcaagccgtgctgtgcgaaggtatgaatttctgggctttgtttgaattcttgtttcgagtttgttcaattggtgttcgatctcgaggttgggctga 17870
回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

dazey

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
路人甲
1楼 2011-05-17 17:54:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

xiao_v

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
一般来说上下游150BP就可以，你可以在primer5.0把SRR序列的上面150BP 和下游150BP 复制到软件中直接设计就可以了。SSR比较好出目的条带。上下游温度差不多50-55这样。3‘端别是A。 其他的尽量别有错配，和二聚体就OK了。可以有聚丙酰胺凝胶电泳看下目的片段，如果不清楚就引物结合温度，如果有很多杂带就升高温度。检测的时候要用不是家系的群体跑。
赞一下(2人) 回复此楼
8楼2013-04-09 16:26:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dazey

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
LZ，请您给讲讲怎么开发SSR引物啊？ 我已经有了SSR 序列，就只等引物设计了，有没有软件？一条条设计太麻烦了，我有1000多条序列呢
赞一下(2人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

果汁123
6楼2012-07-20 16:37:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

liugs

禁虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
2楼2011-05-18 08:15:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

niuzheng

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
很头痛哦，要是不行再叫公司做对引物，还不行再做对引物。多麻烦啊。
赞一下(1人) 回复此楼
要一步一步的向前走啊。
3楼2011-10-23 16:28:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wxq999

新虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
西瓜:编辑内容 2011-10-24 17:26
西瓜(金币-10): 2011-10-24 17:27:11
-------------广告内容--------------------

[ Last edited by 西瓜 on 2011-10-24 at 17:26 ]
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-10-24 17:05:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Nancybicy

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
在重复序列的两端各150bp就认为是保守序列，直接在里面设计引物就好了
赞一下 回复此楼
5楼2012-02-22 14:01:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

magy2006

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我对这个问题也比较感兴趣，期待有好的答复
赞一下 回复此楼
7楼2013-04-09 16:03:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiao_v

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我给你设计了下引物你看下
S: 5'  CCAAGACTAATCCAAAAAATCAG  3'

A:5'  ACCGCCTCAGAACTCACC  3'
可以试试可以吗。
赞一下 回复此楼
9楼2013-04-09 16:33:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

173734022

禁虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
10楼2015-09-11 15:29:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yf8541255 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿沪9，326求生物学调剂 +10 刘墨墨 2026-04-13 10/500 2026-04-14 15:16 by zs92450
[教师之家] 转长聘了 +7 简单化xn 2026-04-13 7/350 2026-04-14 14:50 by xindong
[考研] 327求调剂 +22 Xxjc1107. 2026-04-13 24/1200 2026-04-14 14:45 by zs92450
[考研] 288求调剂，一志愿华南理工大学071005 +24 ioodiiij 2026-04-08 24/1200 2026-04-14 08:42 by nana_zhong
[考研] 材料复试求调剂 +24 xhhdjdjsjks 2026-04-09 24/1200 2026-04-13 15:49 by 幸免 ..
[考研] 求调剂 +9 吃口冰激凌 2026-04-07 9/450 2026-04-13 08:46 by 紫曦紫棋
[考研] 295分求调剂 +13 ?要上岸? 2026-04-10 13/650 2026-04-12 15:37 by laoshidan
[考研] 0854调剂 +12 长弓傲 2026-04-09 13/650 2026-04-12 09:56 by 逆水乘风
[考研] 材料工程日语考生求调剂 +7 0856?调剂 2026-04-10 7/350 2026-04-11 21:33 by 蓝云思雨
[考研] 本人女孩 +7 吼吼， 2026-04-10 9/450 2026-04-11 14:45 by ACS Nano——
[考研] 0854调剂 +5 音像店听花鼓戏 2026-04-10 5/250 2026-04-11 10:49 by qingpingzhu
[考研] 283求调剂 +22 那个噜子 2026-04-09 22/1100 2026-04-11 10:41 by 逆水乘风
[考研] 085402通信工程调剂，有4项学科竞赛国奖（电赛国二），硕士研究生调剂自荐信。 +5 m永o不v言o弃m 2026-04-09 5/250 2026-04-11 09:33 by zhq0425
[考研] 289 分105500药学专硕求调剂(找B区学校) +6 白云123456789 2026-04-09 8/400 2026-04-10 21:13 by zhouxiaoyu
[考研] 吉大计算机技术331分，英语六级，求调剂 +3 峰峰021116 2026-04-09 3/150 2026-04-10 20:01 by chemisry
[考研] 298求调剂 +13 钉叮咚冬瓜 2026-04-09 13/650 2026-04-10 15:49 by jiajinhpu
[考研] 311求调剂 +6 surte 2026-04-08 13/650 2026-04-09 14:00 by surte
[考研] 机械专硕273请求调剂 +6 庚申壬申 2026-04-07 6/300 2026-04-08 22:41 by bljnqdcc
[考研] 313求调剂 +3 十六拾陆 2026-04-07 3/150 2026-04-07 23:20 by lbsjt
[考研] 11408 325分 +3 jgtxuxgkx 2026-04-07 3/150 2026-04-07 23:10 by lbsjt
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭