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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 微卫星SSR引物设计
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yf8541255

铁虫 (初入文坛)

[交流] 微卫星SSR引物设计 已有9人参与

我在做一种植物的微卫星引物开发，现在已经对单克隆测序拿到了序列，利用SSR Hunter 也已经找到了SSR序列，现在想用primer primer5.0设计引物。
我是这方面的初学者，不太了解这个软件，想知道在设计引物的时候如何知道SSR片段两端的保守序列呢？
以下是我通过SSR Hunter 获得的其中一个SSR序列，有没有行家给讲解一下

TC  重复次数： 10    起始位置： 17701
17551tcatagaaatgggcggttggatcctccccttcaaatctccttctctctgcgtccaagactaatccaaaaaatcaggaatctagggtttgcttctcgctaatggccgacttcaactccttcgccccactgcagtaaagccagtgcggctgaTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCgatctctcgagctggaagcaatggcggccgacgtatcggtgagttctgaggcggtcaagccgtgctgtgcgaaggtatgaatttctgggctttgtttgaattcttgtttcgagtttgttcaattggtgttcgatctcgaggttgggctga 17870
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路人甲
1楼 2011-05-17 17:54:52
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xiao_v

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
一般来说上下游150BP就可以，你可以在primer5.0把SRR序列的上面150BP 和下游150BP 复制到软件中直接设计就可以了。SSR比较好出目的条带。上下游温度差不多50-55这样。3‘端别是A。 其他的尽量别有错配，和二聚体就OK了。可以有聚丙酰胺凝胶电泳看下目的片段，如果不清楚就引物结合温度，如果有很多杂带就升高温度。检测的时候要用不是家系的群体跑。
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8楼2013-04-09 16:26:49
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liugs

禁虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
2楼2011-05-18 08:15:05
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niuzheng

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
很头痛哦，要是不行再叫公司做对引物，还不行再做对引物。多麻烦啊。
赞一下(1人) 回复此楼
要一步一步的向前走啊。
3楼2011-10-23 16:28:16
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wxq999

新虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
西瓜:编辑内容 2011-10-24 17:26
西瓜(金币-10): 2011-10-24 17:27:11
-------------广告内容--------------------

[ Last edited by 西瓜 on 2011-10-24 at 17:26 ]
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4楼2011-10-24 17:05:52
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