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***！！！细菌全基因组测序 亟待解决的困惑！！！*** 已有1人参与
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最近在做几株细菌的全基因组测序，自己有很多问题，希望懂这方面的大虾们给解答一下： 1.对于细菌这种小基因组（总共也才几兆）而言，而且跟我的菌株最相似的菌株已经测过了全基因组的草图了，应该选择de novo测序还是全基因组重测序呢？这两个方法是不是价格会差很多？也咨询可以前做过细菌全基因组测序的师兄师姐，他们一般是测一个菌3-4万（好似是测得de novo），现在老板让我测便宜的3000一个菌的（合同上是全基因组重测序），原来实验室也做过这种测序，从结果来看de novo和重测序都给了常见蛋白库的注释，也都搭建了contig和scaffold，但是重测序的scaffold较de novo的大很多，是不是因为没有做大片段文库导致的？这个疑问在下面的问题中也提到了。有人知道这两种大概有什么区别么，为什么价钱会差这么多，对于我这种有最相似菌株作参考基因组的细菌来说选重测序这种方法是不是就足够了呢？ 2.从reads到contigs可以想象出拼接的过程，可是从contig到scaffold是怎么拼接的，pair-ends是怎么发挥作用的？是不是只有illumina测序仪才会产生pair-ends，如果用454呢？ 3.为什么要分别构建大、小片段文库，各自是有什么不同的作用才需要构建几种不同的文库么，对于测细菌的基因组来说构建几个文库（200bp、500bp、2K、5k、10K都要做还是选两三个就够了？）是足够的？跟拼接到contig或者scaffold有什么关系么？ 4.测序深度怎么确定，是按经验来都测100-150×左右么，还是视测序结果而定？ |
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回答你的部分问题： 1）测序深度：是测序的总数据量除以你的基因组大小 2）一般如果没有参考基因组测序，才选择de novo。 3）其实如果是送到公司测序，你没必要关注测序方法。只要能够满足你的数据分析要求即可。（一般的草图测序，每株<5000元左右），覆盖度有个几十倍就可以了 感兴趣可以参考本人网站http://www.microbialgenomic.com |
2楼2014-05-15 21:58:57
scelab
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