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suyouzhen

铁杆木虫 (小有名气)


[交流] 求助细菌基因组组装

咨询一下做这方面的高手。我现在从原始的数据中(宏基因组测序)中找到了属于一个细菌的contigs,然后跟另一个已发表的同种细菌的全基因组做比对,发现了大概几百个的gaps。现在的问题就是我怎么去快速的去填补这些gaps,把contigs拼接好?有没有这方面的辅助软件可以用?显然手工去定位这些gaps好慢。有用的答案定重谢!
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vigor222

禁虫 (文坛精英)

★
suyouzhen(金币+1): 谢谢参与
本帖内容被屏蔽

4楼2013-03-18 16:53:52
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shinyzd

木虫之王 (文学泰斗)


★
suyouzhen(金币+1): 谢谢参与
帮顶
6楼2013-03-18 16:59:53
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userhung

禁虫 (文学泰斗)


★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
suyouzhen(金币+1): 谢谢参与
suyouzhen: 金币+10, 谢谢! 2013-03-18 19:57:31
8楼2013-03-18 17:33:41
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jeangong

木虫之王 (文学泰斗)


★
suyouzhen(金币+1): 谢谢参与
祝好~
11楼2013-03-18 18:01:27
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hongrunge

铁杆木虫 (小有名气)


★ ★ ★
suyouzhen(金币+1): 谢谢参与
suyouzhen: 金币+2 2013-03-21 01:10:20
知网上近些年有很多关于全基因组测序和分析的 博硕士论文,楼主不妨搜一下看看,祝好运!
14楼2013-03-19 22:17:38
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suyouzhen

铁杆木虫 (小有名气)


引用回帖:
14楼: Originally posted by hongrunge at 2013-03-19 16:17:38
知网上近些年有很多关于全基因组测序和分析的 博硕士论文,楼主不妨搜一下看看,祝好运!

知网里大部分都是做纯培养的菌株de novo测序的,我从宏基因组里捞一个出来,要麻烦一些。
15楼2013-03-21 01:11:30
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々暧-〃

版主 (文学泰斗)


★
suyouzhen(金币+1): 谢谢参与
祝福祝福~~~~
18楼2013-03-21 10:24:27
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wddtcmxb

新虫 (初入文坛)


★
suyouzhen(金币+1): 谢谢参与
网上看到一份文件,按照此方法,今天刚在NCBI上传完一份细菌的全基因组,当然文件可能有些旧,有些选项与网站上的不一样,不过大部分是一样的,不影响参考学习,供大家学习!

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  • 附件 1 : 细菌基因组数据上传.pdf
  • 2018-06-07 22:53:24, 932.87 K
19楼2018-06-07 22:53:30
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简单回复
haixiawu2楼
2013-03-18 13:00   回复  
2013-03-18 16:41   回复  
zhihaikou5楼
2013-03-18 16:56   回复  
祝福祝福!!!
2013-03-18 17:05   回复  
@_@ [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
neu2349楼
2013-03-18 17:41   回复  
djt10楼
2013-03-18 17:43   回复  
qqq99823612楼
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