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suyouzhen

铁杆木虫 (小有名气)

[交流] 求助细菌基因组组装

咨询一下做这方面的高手。我现在从原始的数据中（宏基因组测序）中找到了属于一个细菌的contigs，然后跟另一个已发表的同种细菌的全基因组做比对，发现了大概几百个的gaps。现在的问题就是我怎么去快速的去填补这些gaps，把contigs拼接好？有没有这方面的辅助软件可以用？显然手工去定位这些gaps好慢。有用的答案定重谢！
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1楼 2013-03-17 18:56:46
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vigor222

禁虫 (文坛精英)
★
suyouzhen(金币+1): 谢谢参与
本帖内容被屏蔽
4楼2013-03-18 16:53:52
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shinyzd

木虫之王 (文学泰斗)
★
suyouzhen(金币+1): 谢谢参与
帮顶
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6楼2013-03-18 16:59:53
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userhung

禁虫 (文学泰斗)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
suyouzhen(金币+1): 谢谢参与
suyouzhen: 金币+10, 谢谢！ 2013-03-18 19:57:31
http://mall.cnki.net/magazine/Article/JCXK201107005.htm
http://www.majorbio.com/Products/Genome_Detailed
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8楼2013-03-18 17:33:41
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jeangong

木虫之王 (文学泰斗)
★
suyouzhen(金币+1): 谢谢参与
祝好~
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11楼2013-03-18 18:01:27
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hongrunge

铁杆木虫 (小有名气)
★ ★ ★
suyouzhen(金币+1): 谢谢参与
suyouzhen: 金币+2 2013-03-21 01:10:20
知网上近些年有很多关于全基因组测序和分析的 博硕士论文，楼主不妨搜一下看看，祝好运！
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14楼2013-03-19 22:17:38
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suyouzhen

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by hongrunge at 2013-03-19 16:17:38
知网上近些年有很多关于全基因组测序和分析的 博硕士论文，楼主不妨搜一下看看，祝好运！

知网里大部分都是做纯培养的菌株de novo测序的，我从宏基因组里捞一个出来，要麻烦一些。
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15楼2013-03-21 01:11:30
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々暧-〃

版主 (文学泰斗)
★
suyouzhen(金币+1): 谢谢参与
祝福祝福~~~~
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18楼2013-03-21 10:24:27
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wddtcmxb

新虫 (初入文坛)
★
suyouzhen(金币+1): 谢谢参与
网上看到一份文件，按照此方法，今天刚在NCBI上传完一份细菌的全基因组，当然文件可能有些旧，有些选项与网站上的不一样，不过大部分是一样的，不影响参考学习，供大家学习！
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19楼2018-06-07 22:53:30
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haixiawu2楼
2013-03-18 13:00   回复  
littledog1233楼
2013-03-18 16:41   回复  
zhihaikou5楼
2013-03-18 16:56   回复  
祝福祝福！！！
乾坤智林7楼
2013-03-18 17:05   回复  
@_@ [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
neu2349楼
2013-03-18 17:41   回复  
djt10楼
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qqq99823612楼
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