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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 细菌基因组的部分酶切
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tzaixmc

木虫 (正式写手)

[求助] 细菌基因组的部分酶切

目前想要用质粒pUCM-T建一个细菌基因组的质粒文库。在用Sau3A Ⅰ部分酶切基因组时有几个问题。
1、部分酶切是指的是基因组中所有酶切位点其中一部分被切开，而不是一部分基因组DNA被切开吧？
2、如何判断基因组是部分酶切而不是完全酶切？就是说电泳时在所需要的片段位置有弥散的DNA，但是基因组DNA还是有很均一的条带。也就是一部分基因组DNA被切开，这样算是部分酶切吗？如果只有弥散的DNA但没有基因组DNA的主带，这样的情况下如何判断是部分酶切还是完全酶切？完全酶切的条带也是弥散的吧？
希望高手指点一下，谢谢!
谁能传一张部分酶切效果很好的电泳图看看，借鉴一下。送5个金币。

[ Last edited by tzaixmc on 2012-7-9 at 11:06 ]
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1楼 2012-07-09 09:37:00
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tzaixmc

木虫 (正式写手)
高人出来指点一下啊，谢谢
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2楼2012-07-09 16:04:34
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tzaixmc

木虫 (正式写手)
高手现身啊
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3楼2012-07-10 11:02:15
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dehong1573

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
tzaixmc: 金币+3, ★★★★★最佳答案, 谢谢 2012-07-19 11:06:45
我没构建过文库，但是构建文库应该是部分酶切后回收目的大小区域的DNA吧，所以我觉得第一个问题应该是第一种情况，但是有部分DNA没被切开也没关系；第二个问题，不管怎么样带型肯定是弥散的
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科学永无止境,只有合作共享才能更好地……
4楼2012-07-11 08:34:42
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cccsnd

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我们做过CELL1酶的酶切，部分酶切我的理解是基因组被切开，分成两个（我们试验中）或以上的片段~~~个人见解
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真诚待人，真诚生活！
5楼2012-07-11 16:09:39
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jinpeng_6118

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
scelab: 金币+3, good 2012-07-11 20:28:21
tzaixmc: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 顺变再问一个问题，我发现我的基因组DNA能被EcoR1酶切开，但是Sau3A1完全切不动DNA。但是这两个酶都能酶切Takara的质检用λ DNA，说明酶没什么问题。但是Sau3A1按推荐体系酶切3h还是切不动我的基因组DNA。这是什么个情况啊？ 2012-07-19 11:06:17
我构建过亚克隆文库，基本原理和你的一样，部分酶切指的也就是随机酶切，使基因组DNA形成从大到小都有的大小不一片段，酶切效果较好的情况是指不存在单一的主带，成弥散带，然后你把你需要的片段大小范围内的DNA回收回来就可
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人生百态原为海，看破红尘方为岸！
6楼2012-07-11 16:50:43
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tzaixmc

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jinpeng_6118 at 2012-07-11 16:50:43
我构建过亚克隆文库，基本原理和你的一样，部分酶切指的也就是随机酶切，使基因组DNA形成从大到小都有的大小不一片段，酶切效果较好的情况是指不存在单一的主带，成弥散带，然后你把你需要的片段大小范围内的DNA回收 ...

那你指的酶切效果较好的情况和完全酶切在电泳图中有什么区别吗？
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7楼2012-07-12 08:22:02
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jinpeng_6118

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by tzaixmc at 2012-07-12 08:22:02
那你指的酶切效果较好的情况和完全酶切在电泳图中有什么区别吗？...

完全酶切，到最后DNA片段都会切碎了或者说切成一两百或几十bp了，甚至更小
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人生百态原为海，看破红尘方为岸！
8楼2012-07-12 10:01:06
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kabuqinuo89

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我部分酶切的结要不就是全切碎 要不就是切不开 要不就是一部分切不开，一部分全碎  这是怎么回事呢 求指教
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9楼2012-09-20 21:20:23
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hippo_li

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

pUCM-T是T载体吗？你确定它能用于构建文库？它的插入片段范围是多大？
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10楼2012-09-28 20:07:43
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