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[交流] 【求助/交流】细菌基因组的单酶切问题已有2人参与

各位虫友，我最近做了好几次梭菌全基因组的单酶切，跑的电泳条带觉得不对劲，大家帮我看看吧，多谢虫友们啦！下边我说说具体情况。首先按照CTAB法提取了细菌的基因组DNA，1%琼脂糖电泳检测，然后0.8%琼脂糖切胶回收，试剂盒纯化，1%琼脂糖检测纯化产物。然后按照如下体系进行酶切：第一次：BamH 1 1ul，10*buffer 3 5ul，DNA 20ul ，ddH2O 24ul，总体系50ul。第二次：BamH 1 0.5ul，10*buffer3 3ul，DNA 10ul ，ddH2O 16.5ul，总体系30ul。第三次：Pme 1 1ul，10*buffer4 3ul，DNA 8ul ，100*BSA 0.3ul，ddH2O 17.7ul，总体系30ul。都是37度酶切5小时或者以上。然后1%琼脂糖电泳检测，图片在附件中。marker用的是2-log。图片中的带状都是DNA的位置开始向下一抹弥散。这是怎么造成的呢？老师说图片应该是两种情况，要么是整个泳道弥散状，要么是几条带。我怎么跑出来是一点弥散呢？

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1楼2011-01-16 21:37:33

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brightfuture01

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rainwander(金币+2): 鼓励积极参与交流~~~ 2011-01-17 22:52:53

Bam HI 是比较好用的酶，道理上是比较好切的，5h应该可以彻底酶切。

可以考虑：换一种酶看看，比如 Hind III，如果这个酶能切开的话，那可能是BamHI 酶有问题或者这个基因组中的BamHI切点比较稀少。

尽量用大一点的体系，能用50不用30；做个DNA量的梯度，20ul， 10ul， 5ul。

不妨试试过夜酶切。

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The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.

2楼2011-01-16 21:43:23

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引用回帖:

Originally posted by brightfuture01 at 2011-01-16 21:43:23:
Bam HI 是比较好用的酶，道理上是比较好切的，5h应该可以彻底酶切。

可以考虑：换一种酶看看，比如 Hind III，如果这个酶能切开的话，那可能是BamHI 酶有问题或者这个基因组中的BamHI切点比较稀少。

尽量用 ...

谢谢交流！
我又用Pme 1试过了，条带基本还是一个模样。另外，我原先用的是NEB的酶，也试过了Takara的BamH 1，也是那样！晕啊！不知道怎么回事。今天让老师看了看，说让我同时用两个酶切一下看看。我想找找别人有没有单酶切过基因组，看看别人跑的电泳图是什么样子的，可是没找到。有几个文献中这么做过，遗憾的是文中没图片。唉……