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suyouzhen

铁杆木虫 (小有名气)

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[交流] 求助细菌基因组组装

咨询一下做这方面的高手。我现在从原始的数据中（宏基因组测序）中找到了属于一个细菌的contigs，然后跟另一个已发表的同种细菌的全基因组做比对，发现了大概几百个的gaps。现在的问题就是我怎么去快速的去填补这些gaps，把contigs拼接好？有没有这方面的辅助软件可以用？显然手工去定位这些gaps好慢。有用的答案定重谢！

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1楼 2013-03-17 18:56:46

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vigor222

禁虫 (文坛精英)

★
suyouzhen(金币+1): 谢谢参与

本帖内容被屏蔽

4楼2013-03-18 16:53:52

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shinyzd

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★
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帮顶

6楼2013-03-18 16:59:53

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userhung

禁虫 (文学泰斗)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
suyouzhen(金币+1): 谢谢参与
suyouzhen: 金币+10, 谢谢！ 2013-03-18 19:57:31

http://mall.cnki.net/magazine/Article/JCXK201107005.htm
http://www.majorbio.com/Products/Genome_Detailed

8楼2013-03-18 17:33:41

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jeangong

木虫之王 (文学泰斗)

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★
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祝好~

11楼2013-03-18 18:01:27

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hongrunge

铁杆木虫 (小有名气)

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★ ★ ★
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suyouzhen: 金币+2 2013-03-21 01:10:20

知网上近些年有很多关于全基因组测序和分析的博硕士论文，楼主不妨搜一下看看，祝好运！

14楼2013-03-19 22:17:38

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suyouzhen

铁杆木虫 (小有名气)

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虫号: 1859678

引用回帖:

14楼: Originally posted by hongrunge at 2013-03-19 16:17:38
知网上近些年有很多关于全基因组测序和分析的博硕士论文，楼主不妨搜一下看看，祝好运！

知网里大部分都是做纯培养的菌株de novo测序的，我从宏基因组里捞一个出来，要麻烦一些。

15楼2013-03-21 01:11:30

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々暧-〃

版主 (文学泰斗)

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★
suyouzhen(金币+1): 谢谢参与

祝福祝福~~~~

18楼2013-03-21 10:24:27

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wddtcmxb

新虫 (初入文坛)

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★
suyouzhen(金币+1): 谢谢参与

网上看到一份文件，按照此方法，今天刚在NCBI上传完一份细菌的全基因组，当然文件可能有些旧，有些选项与网站上的不一样，不过大部分是一样的，不影响参考学习，供大家学习！

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附件 1 : 细菌基因组数据上传.pdf

2018-06-07 22:53:24, 932.87 K

19楼2018-06-07 22:53:30

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简单回复

haixiawu2楼

2013-03-18 13:00 回复

littledog1233楼

2013-03-18 16:41 回复

zhihaikou5楼

2013-03-18 16:56 回复

祝福祝福！！！

乾坤智林7楼

2013-03-18 17:05 回复

@_@ [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]

neu2349楼

2013-03-18 17:41 回复

djt10楼

2013-03-18 17:43 回复

qqq99823612楼

2013-03-18 18:16 回复

Lopemann13楼

2013-03-18 18:18 回复

readytogo16楼

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2013-03-21 08:26 回复

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