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小甜瓜lemon

银虫 (小有名气)

[交流] 请教做过人类基因外显子测序的朋友

人类的已知基因(NCBI有序列)如果比较大,外显子数目比较多,会不会比较难做全外显子测序?难在哪里?(用PCR扩增、一代测序技术)
比如60个、70个外显子,设计引物做PCR,之后利用PCR产物进行一代测序,会出现很多困难吗?返工率会很高吗?
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自助者天助
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8wangle

至尊木虫 (文坛精英)

2楼2014-04-03 10:47:08
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addict_cy

金虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流! 2014-04-03 11:56:18
小甜瓜lemon: 金币+2, 多谢! 2014-04-04 12:48:08
可以做,但做好返工准备,因为每个外显子序列特征不一样,尤其样本DNA不好的时候,不太好测;另外,有的区段如果测序质量不好,出现杂峰的话,需要双向测序验证

我们做过一个基因,总测序量大概是理论测序个数的1.5倍

如果外显子太多的话,倒不如直接作全外显子组测序(whole-exome sequencing),现在降价很厉害,几千RMB一个样,全基因组的外显子序列都有了
3楼2014-04-03 11:18:30
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小甜瓜lemon

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by addict_cy at 2014-04-03 11:18:30
可以做,但做好返工准备,因为每个外显子序列特征不一样,尤其样本DNA不好的时候,不太好测;另外,有的区段如果测序质量不好,出现杂峰的话,需要双向测序验证

我们做过一个基因,总测序量大概是理论测序个数的 ...

比较关注你说的,总测序量大概是理论测序个数的1.5倍,这一点,还想再请教您一下:这句话是不是说,其实基因大小是没有关系的,返工率大概就是这个数值,只不过外显子个数多的基数大,所以需要多次做,时间也更长一点
自助者天助
4楼2014-04-04 12:53:04
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addict_cy

金虫 (小有名气)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
小甜瓜lemon: 金币+1, 谢谢 2014-04-08 09:40:58
引用回帖:
4楼: Originally posted by 小甜瓜lemon at 2014-04-04 12:53:04
比较关注你说的,总测序量大概是理论测序个数的1.5倍,这一点,还想再请教您一下:这句话是不是说,其实基因大小是没有关系的,返工率大概就是这个数值,只不过外显子个数多的基数大,所以需要多次做,时间也更长一 ...

不好说。我们做的基因大概是1.5倍:会有很多位置有杂峰,需要双向测通。整个测完其实花费的时间、精力挺多的
5楼2014-04-04 19:29:12
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小甜瓜lemon

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by addict_cy at 2014-04-04 19:29:12
不好说。我们做的基因大概是1.5倍:会有很多位置有杂峰,需要双向测通。整个测完其实花费的时间、精力挺多的...

呵呵 多谢!
自助者天助
6楼2014-04-08 09:41:10
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