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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 请教做过人类基因外显子测序的朋友
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小甜瓜lemon

银虫 (小有名气)

[交流] 请教做过人类基因外显子测序的朋友

人类的已知基因（NCBI有序列）如果比较大，外显子数目比较多，会不会比较难做全外显子测序？难在哪里？（用PCR扩增、一代测序技术）
比如60个、70个外显子，设计引物做PCR，之后利用PCR产物进行一代测序，会出现很多困难吗？返工率会很高吗？
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自助者天助
1楼 2014-04-03 10:40:31
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8wangle

至尊木虫 (文坛精英)
顶帖
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2楼2014-04-03 10:47:08
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addict_cy

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流！ 2014-04-03 11:56:18
小甜瓜lemon: 金币+2, 多谢！ 2014-04-04 12:48:08
可以做，但做好返工准备，因为每个外显子序列特征不一样，尤其样本DNA不好的时候，不太好测；另外，有的区段如果测序质量不好，出现杂峰的话，需要双向测序验证

我们做过一个基因，总测序量大概是理论测序个数的1.5倍

如果外显子太多的话，倒不如直接作全外显子组测序（whole-exome sequencing），现在降价很厉害，几千RMB一个样，全基因组的外显子序列都有了
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3楼2014-04-03 11:18:30
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小甜瓜lemon

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by addict_cy at 2014-04-03 11:18:30
可以做，但做好返工准备，因为每个外显子序列特征不一样，尤其样本DNA不好的时候，不太好测；另外，有的区段如果测序质量不好，出现杂峰的话，需要双向测序验证

我们做过一个基因，总测序量大概是理论测序个数的 ...

比较关注你说的，总测序量大概是理论测序个数的1.5倍，这一点，还想再请教您一下：这句话是不是说，其实基因大小是没有关系的，返工率大概就是这个数值，只不过外显子个数多的基数大，所以需要多次做，时间也更长一点
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自助者天助
4楼2014-04-04 12:53:04
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addict_cy

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小甜瓜lemon: 金币+1, 谢谢 2014-04-08 09:40:58
引用回帖:
4楼: Originally posted by 小甜瓜lemon at 2014-04-04 12:53:04
比较关注你说的，总测序量大概是理论测序个数的1.5倍，这一点，还想再请教您一下：这句话是不是说，其实基因大小是没有关系的，返工率大概就是这个数值，只不过外显子个数多的基数大，所以需要多次做，时间也更长一 ...

不好说。我们做的基因大概是1.5倍：会有很多位置有杂峰，需要双向测通。整个测完其实花费的时间、精力挺多的
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5楼2014-04-04 19:29:12
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小甜瓜lemon

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by addict_cy at 2014-04-04 19:29:12
不好说。我们做的基因大概是1.5倍：会有很多位置有杂峰，需要双向测通。整个测完其实花费的时间、精力挺多的...

呵呵 多谢！
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自助者天助
6楼2014-04-08 09:41:10
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