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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 如何进行基因中外显子和内含子的分析
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guxinkoo

新虫 (小有名气)

[求助] 如何进行基因中外显子和内含子的分析

本人想做人β-酪蛋白全基因测序，但是不知道如何判断哪段是外显子，哪段是内含子，菜鸟一枚，问题有点白，请各位高手教教小弟，谢谢！
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1楼2013-06-22 08:32:58
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

凌波丽

专家顾问 (知名作家)
实际上预测真核基因的结构有很多种预测方法和免费的网站。
具体请参见：
薛庆中 等编著，DNA和蛋白质序列数据分析工具，科学出版社，2012，第三版，25-39，第2章 真核基因结构的预测，其中有GENSCAN（针对基因组ＤＮＡ序列预测可读框和基因结构）: http://genes.mit.edu/GENSCAN.html  的操作介绍，还有CpGplot（CpG岛预测）: http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/index.html  ,PromoterScan（启动子区域i预测）: http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan  的介绍。也介绍了 用软件CodonW 计算基因密码子偏好性，CodonW 能够在Windows系统下运行，可以从http://codonw.sourcerforge.net  下载。
基因功能分类可以用Gene Ontology : http://www.geneontology.org  进入界面后在基因功能数据库中搜索目的基因可能的生物学功能，或者特定的生物学功能有哪些基因可能参与。还可以到 Genecards 数据库去查询 感兴趣的基因的功能，Genecards http://www.genecards.org  .
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11楼2014-07-09 10:35:18
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普通回帖

137167741

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, Gifts of roses, hand there are lingering fragrance. Look forward to your wonderful and more detailed answer. 2013-06-22 16:53:13
第一、序列是否已知
第二、mRNA是否已知
第三、cds是否已知
第四、其他相近物种相关信息是否已知
第五、序列比对
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总有一天我要修改用户名。
2楼2013-06-22 09:26:25
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robustli

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, Gifts of roses, hand there are lingering fragrance. Look forward to your wonderful and more detailed answer. 2013-06-22 16:53:21
如果知道基因组序列可以用genescan先预测一下外显子部分，剩下的就应该是内含子了
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immunologyparasite
3楼2013-06-22 11:16:03
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dcb005

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, Gifts of roses, hand there are lingering fragrance. Look forward to your wonderful and more detailed answer. 2013-06-22 16:53:29
guxinkoo: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-06-27 16:07:06
很简单啊，分别用cDNA和genomic DNA 做模板，之后送去测序，cDNA 不包含的序列不就是内含子
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★穷则独善其身,达则兼济天下★
4楼2013-06-22 11:54:30
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guxinkoo

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 137167741 at 2013-06-22 09:26:25
第一、序列是否已知
第二、mRNA是否已知
第三、cds是否已知
第四、其他相近物种相关信息是否已知
第五、序列比对

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucc ... amp;amp;strand=true
这是我在ncbi上查到的相关信息，请问根据里面的序列，直接设计引物进行PCR可以吗？是否还需要再查一些其它信息呢？
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5楼2013-06-22 12:41:57
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guxinkoo

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by dcb005 at 2013-06-22 11:54:30
很简单啊，分别用cDNA和genomic DNA 做模板，之后送去测序，cDNA 不包含的序列不就是内含子

首先谢谢您的回复！
我刚接触这方面，不太懂您说的分别用cDNA 和genomic DNA为模版的意思，您方便说的详细些吗？是用这两个DNA为模板，用引物进行PCR然后测序吗？但是这个引物我也能更改怎么选呢？
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6楼2013-06-22 12:45:30
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guxinkoo

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by robustli at 2013-06-22 11:16:03
如果知道基因组序列可以用genescan先预测一下外显子部分，剩下的就应该是内含子了

谢谢您的回复！
您说的genescan软件，您有吗，可以发给我吗？谢谢，
邮箱  guxinkoo@163.com
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7楼2013-06-22 12:48:00
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dcb005

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by guxinkoo at 2013-06-22 12:45:30
首先谢谢您的回复！
我刚接触这方面，不太懂您说的分别用cDNA 和genomic DNA为模版的意思，您方便说的详细些吗？是用这两个DNA为模板，用引物进行PCR然后测序吗？但是这个引物我也能更改怎么选呢？...

是的，不同模板做PCR测序
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★穷则独善其身,达则兼济天下★
8楼2013-06-23 13:01:41
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robustli

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

genescan is a open website. Go to this link http://genes.mit.edu/GENSCAN.html
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immunologyparasite
9楼2013-06-24 22:05:50
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武穆大成

木虫 (著名写手)

笨蛋

【答案】应助回帖

http://biotf.cn/,这个网站上有很多这方面的东东，希望有帮助
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10楼2013-06-25 09:25:23
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