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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 如何进行基因中外显子和内含子的分析
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guxinkoo

新虫 (小有名气)

[求助] 如何进行基因中外显子和内含子的分析

本人想做人β-酪蛋白全基因测序，但是不知道如何判断哪段是外显子，哪段是内含子，菜鸟一枚，问题有点白，请各位高手教教小弟，谢谢！
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1楼2013-06-22 08:32:58
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guxinkoo

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 137167741 at 2013-06-22 09:26:25
第一、序列是否已知
第二、mRNA是否已知
第三、cds是否已知
第四、其他相近物种相关信息是否已知
第五、序列比对

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucc ... amp;amp;strand=true
这是我在ncbi上查到的相关信息，请问根据里面的序列，直接设计引物进行PCR可以吗？是否还需要再查一些其它信息呢？
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5楼2013-06-22 12:41:57
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guxinkoo

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by dcb005 at 2013-06-22 11:54:30
很简单啊，分别用cDNA和genomic DNA 做模板，之后送去测序，cDNA 不包含的序列不就是内含子

首先谢谢您的回复！
我刚接触这方面，不太懂您说的分别用cDNA 和genomic DNA为模版的意思，您方便说的详细些吗？是用这两个DNA为模板，用引物进行PCR然后测序吗？但是这个引物我也能更改怎么选呢？
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6楼2013-06-22 12:45:30
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guxinkoo

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by robustli at 2013-06-22 11:16:03
如果知道基因组序列可以用genescan先预测一下外显子部分，剩下的就应该是内含子了

谢谢您的回复！
您说的genescan软件，您有吗，可以发给我吗？谢谢，
邮箱  guxinkoo@163.com
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7楼2013-06-22 12:48:00
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