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phoenix211

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】从RNA中扩出含内含子的全基因片段已有9人参与

最近LZ从长枝木霉中扩增一个基因,按CDS设计了引物,提RNA作逆转录,然后再扩增,TA克隆后测序。结果比对后发现扩增出来的片段含有内含子。
非常地不解,这是第二次从RNA中扩增出内含子(以前扩增另外一个基因时也曾从RNA中扩出内含子),希望能有朋友给解答下。
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wefghgjg

新虫 (小有名气)


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ding
孤独
2楼2010-09-02 01:22:24
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

★ ★
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scelab(金币+1):欢迎多来交流!:tiger06: 2010-09-02 22:56:08
你确定是内含子?在产生RNA时可能有差异剪接,你测的RNA可能多了一个外显子。
3楼2010-09-02 08:47:41
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克隆大虾

铁杆木虫 (著名写手)


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有可能存在基因组DNA污染.
4楼2010-09-02 10:13:43
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蓝皮鼠7983

至尊木虫 (文坛精英)

飞过蓝天


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提RNA作逆转录,然后再扩增
应该不会有内含子了的啊
海到尽头天做岸,山登绝顶我为峰。
5楼2010-09-02 10:38:21
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蓝皮鼠7983

至尊木虫 (文坛精英)

飞过蓝天

★ ★
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scelab(金币+1):欢迎多来交流!:tiger06: 2010-09-02 22:56:20
DNA转录时基因的非编码片段内含子和编码片段外显子都一齐转录成为hnRNA,要剪去内含子,接起外显子才成为mRNA
海到尽头天做岸,山登绝顶我为峰。
6楼2010-09-02 10:49:28
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zgb1982

木虫 (正式写手)


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应该是提的过程中DNA污染了吧,不如用DNA酶处理下先
7楼2010-09-02 11:06:40
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phoenix211

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by wefghgjg at 2010-09-02 01:22:24:
ding

跟NCBI上的序列比对过了,多出来的那段确实不是CDS序列。
8楼2010-09-02 21:49:31
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phoenix211

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 克隆大虾 at 2010-09-02 10:13:43:
有可能存在基因组DNA污染.

电泳检测RNA时没看到有基因组的条带,不过提出来的RNA跑出了五条带。
9楼2010-09-02 21:51:26
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克隆大虾

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
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scelab(金币+1):欢迎多来交流!:tiger06: 2010-09-03 23:20:34
痕量的基因组DNA污染当然电泳看不到了,但是PCR以后就可以看到了...
10楼2010-09-03 17:09:32
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