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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】从RNA中扩出含内含子的全基因片段
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phoenix211

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】从RNA中扩出含内含子的全基因片段 已有9人参与

最近LZ从长枝木霉中扩增一个基因，按CDS设计了引物，提RNA作逆转录，然后再扩增，TA克隆后测序。结果比对后发现扩增出来的片段含有内含子。
非常地不解，这是第二次从RNA中扩增出内含子（以前扩增另外一个基因时也曾从RNA中扩出内含子），希望能有朋友给解答下。
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1楼 2010-09-02 00:39:46
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wefghgjg

新虫 (小有名气)
★
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ding
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孤独
2楼2010-09-02 01:22:24
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)
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scelab(金币+1):欢迎多来交流！:tiger06: 2010-09-02 22:56:08
你确定是内含子？在产生RNA时可能有差异剪接，你测的RNA可能多了一个外显子。
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3楼2010-09-02 08:47:41
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克隆大虾

铁杆木虫 (著名写手)
★
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有可能存在基因组DNA污染.
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4楼2010-09-02 10:13:43
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蓝皮鼠7983

至尊木虫 (文坛精英)

飞过蓝天
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提RNA作逆转录，然后再扩增
应该不会有内含子了的啊
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海到尽头天做岸，山登绝顶我为峰。
5楼2010-09-02 10:38:21
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蓝皮鼠7983

至尊木虫 (文坛精英)

飞过蓝天
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scelab(金币+1):欢迎多来交流！:tiger06: 2010-09-02 22:56:20
DNA转录时基因的非编码片段内含子和编码片段外显子都一齐转录成为hnRNA，要剪去内含子，接起外显子才成为mRNA
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海到尽头天做岸，山登绝顶我为峰。
6楼2010-09-02 10:49:28
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zgb1982

木虫 (正式写手)
★
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应该是提的过程中DNA污染了吧，不如用DNA酶处理下先
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7楼2010-09-02 11:06:40
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phoenix211

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by wefghgjg at 2010-09-02 01:22:24:
ding

跟NCBI上的序列比对过了，多出来的那段确实不是CDS序列。
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8楼2010-09-02 21:49:31
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phoenix211

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 克隆大虾 at 2010-09-02 10:13:43:
有可能存在基因组DNA污染.

电泳检测RNA时没看到有基因组的条带，不过提出来的RNA跑出了五条带。
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9楼2010-09-02 21:51:26
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克隆大虾

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
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scelab(金币+1):欢迎多来交流！:tiger06: 2010-09-03 23:20:34
痕量的基因组DNA污染当然电泳看不到了，但是PCR以后就可以看到了...
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10楼2010-09-03 17:09:32
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