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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 大牛来指点下啊~CDS区到底含不含内含子？看了相关的帖反而把我搞糊涂了
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lmcyjxs

金虫 (正式写手)

[求助] 大牛来指点下啊~CDS区到底含不含内含子？看了相关的帖反而把我搞糊涂了

各位大侠，我要崩溃了，不是说我没之前没看过帖，而是看了帖之后把我搞混了。
      1 CDS区到时含不含内含子？有一个老师说不含，一个说含，我看了论坛，两种说法我都好像看过。我认为是不含的。
      2 如果CDS区不含内含子，有些基因在NCBI里查到的，标题上注明是全长CDS区，但下面的注释里却显示含有很多个CDS区，基因序列也显示含有多个CDS区，如图1，难道CDS区真含有内含子才是正解？但为什么我克隆了一个基因，反转录得到的，不含内含子了，获得的基因就跟图1情况一样，终止密码子还更多，导致多个CDS区存在，怎么会这样呢？如图2
      3 若在一个基因序列里，含有多个CDS区（就是在多个不同位置含终止密码子），连接到表达载体是不是指翻译其识别的第一个CDS？
大牛来指点下啊~CDS区到底含不含内含子？看了相关的帖反而把我搞糊涂了
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思路决定出路。。。
1楼 2013-06-14 16:15:35
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+5, 很详细，鼓励交流 2013-06-16 21:02:18
lmcyjxs: 金币+2, ★★★★★最佳答案, 看到这么热心的回复，心情好激动！非常感谢！感谢你的慷慨解囊，表示学到不少东西！呵呵 2013-06-16 23:52:12
说明几点（给出具体文献！）：
1.编码区（cds）就是指成熟mRNA的外显子（exon）区域，有些mRNA的前体切割下的内含子(intron)区域也可以编码，比如snoRNA就是用一些mRNA的内含子(intron)编码的，那种情况相对而言比较少见。
cds定义：
http://www.answers.com/topic/coding-region
“Oxford Dictionary of Biochemistry: coding region
or coding sequence
or coding sequence
1.(of a DNA molecule) an alternative name for exon.
2.(of a messenger RNA molecule) the portion of its complete nucleotide sequence that is translatable into polypeptide. It starts with the initiation codon AUG and ends with one of the termination codons UAA, UAG, or UGA.”
Read more: http://www.answers.com/topic/coding-region#ixzz2WMqFAxT2
另见：B.Lewin,Genes IX,JONES AND BARTLETT PUBLISHERS,2008,P848:
"A coding region is a part of the gene that represents aprotein sequence."
2.不同的基因可能编码区域会有所重叠（即读码框不同），比如抗体的可变区的编码区。
3编码区（cds）内有时的确会有终止密码子存在，我就是说外显子序列，这时细胞（原核细胞、真核细胞都包括，还包括病毒侵入原核细胞、真核细胞后的病毒基因的翻译情况）的转录后水平和翻译可能会采取三种措施来消除终止密码子的翻译终止的作用：（1）RNA modification（原位改变碱基或者糖环）。（2）RNA editing（既有原位改变碱基又有插入或删除剪辑）。RNA modification与RNA editing的除改变位点外的其他区别在：RNA modification的种类比RNA editing要多很多；RNA editing可以插入和删除RNA的碱基----及改变RNA的碱基数量，RNA修饰不会；RNA editing的后果很多与翻译直接相关，RNA modification不强调这点。（3）Translational Hopping.翻译跳读，核糖体在翻译时有一段编码区不翻译直接跳过，并且可能造成以后的ORF的改变，比如T4噬菌体。（4）Recoding。比如特殊位置的UGA可以编码硒代半胱氨酸，Selenocysteine，这是改变密码子的原始含义；但是还有另外的情况：核糖体在翻译时发生编码框的移动，经常是以一个碱基的位置，并且可能造成以后的ORF的改变；最后核糖体翻译一个氨基酸而直接占用四个碱基并且造成以后的ORF的改变。
2与3参考文献：
(1)B.Lewin,Genes IX,JONES AND BARTLETT PUBLISHERS,2008,P37-54;
(2)M.B.Mathews,N.Sonenberg,J.W.B.Hershey edit,Translational Control in Biology and Medicine,Cold Spring Habor Laboratory Press,2007,,P625-654.
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10楼2013-06-16 17:12:01
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普通回帖

laoshi0633

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
lmcyjxs: 金币+1, ★有帮助, 谢谢！ 2013-06-14 17:10:09
您难道不知道特殊位置的TGA可以编码硒代半胱氨酸，Selenocysteine，
国内外很多人在研究这一课题
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学习是一种信仰
2楼2013-06-14 16:27:25
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laoshi0633

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
lmcyjxs: 金币+1, ★有帮助, 期待这位大牛继续多多指点，新手表示好好学习，天天向上~ 2013-06-14 17:11:26
1，你的认为是错误的。
2，基础知识有待积累
3，答案是可定的终止，除非你做特殊处理
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学习是一种信仰
3楼2013-06-14 16:31:36
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lmcyjxs

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by laoshi0633 at 2013-06-14 16:27:25
您难道不知道特殊位置的TGA可以编码硒代半胱氨酸，Selenocysteine，
国内外很多人在研究这一课题

弱弱地惭愧地表示真不知道~会好好补充这一知识，谢谢。
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思路决定出路。。。
4楼2013-06-14 17:07:52
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lmcyjxs

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by laoshi0633 at 2013-06-14 16:31:36
1，你的认为是错误的。
2，基础知识有待积累
3，答案是可定的终止，除非你做特殊处理

谢谢，意思是遇到终止密码子后，肯定会终止表达是吗？
那我克隆的基因是不是没有意义了呢？
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思路决定出路。。。
5楼2013-06-14 17:08:49
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137167741

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lmcyjxs: 金币+4, ★★★很有帮助, 确实有些不明白的地方，望继续多多指点~ 2013-06-15 00:37:25
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2013-06-16 21:01:23
第一、基础知识的确需要补一下，小小批评一下
第二、所谓cds区，就是指编码区，什么叫编码区，就是编码蛋白的区域，而你在ncbi查找到的这个序列式DNA序列，如果你的截图没有错误的话，应该是ncbi的标题有问题（四川农大的人有些马虎了啊），所以在解释里面，mRNA那一行，告诉你那个碱基到多少位碱基，给出了你mRNA范围，可见你研究的基因有两个外显子，而CDS是直接相对于RNA来说的。
第三、的确存在对于某些我们认为的终止密码子，编码了其他的氨基酸的情况，但是对于你的这个，我建议你自己看看有没有复制错碱基字母，或者你同ncbi上给出的氨基酸序列比对一下。
希望可以帮到你，试验顺利~~如有不明白，可联系~~妹子
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总有一天我要修改用户名。
6楼2013-06-14 20:52:29
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137167741

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
lmcyjxs: 金币+2, ★★★很有帮助, 谢谢你的热心帮助咧~ 2013-06-15 10:40:42
kx444555: 金币+1, 很热心 2013-06-16 21:01:45
引用回帖:
6楼: Originally posted by 137167741 at 2013-06-14 20:52:29
第一、基础知识的确需要补一下，小小批评一下
第二、所谓cds区，就是指编码区，什么叫编码区，就是编码蛋白的区域，而你在ncbi查找到的这个序列式DNA序列，如果你的截图没有错误的话，应该是ncbi的标题有问题 ...

我回头比对了一下子，确实是你复制序列出问题了~~，氨基酸里面不会提前出现终止密码子~~
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总有一天我要修改用户名。
7楼2013-06-15 08:25:26
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lmcyjxs

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 137167741 at 2013-06-15 08:25:26
我回头比对了一下子，确实是你复制序列出问题了~~，氨基酸里面不会提前出现终止密码子~~...

谢谢这位GG
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思路决定出路。。。
8楼2013-06-15 10:48:56
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lmcyjxs

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 137167741 at 2013-06-15 08:25:26
我回头比对了一下子，确实是你复制序列出问题了~~，氨基酸里面不会提前出现终止密码子~~...

我表示没有复制错~~看第一个图的链接http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JN391444.1，当你点击右边的“Highlight Sequence Features”，系统会将CDS区高亮显示，你可以试试。。。

第二个图是我自己的克隆的基因的截图啦，我是觉得奇怪，怎么会有中间有这么多终止密码子，就算有些终止密码子可以编码，但是不能说明我克隆的基因，每个终止密码子都子编码，从而不终止翻译。。。

再来一个类似的链接http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucl ... amp;RID=VRP0PJY2015
这个链接的基因跟我克隆的基因的情况更像。。。

其实类似这样的基因还有很多，新手表示不太理解。。。只是很想知道答案，不要见怪~~~
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思路决定出路。。。
9楼2013-06-15 11:17:06
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