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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 大牛来指点下啊~CDS区到底含不含内含子？看了相关的帖反而把我搞糊涂了
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)
奉劝论坛里的一些人，自己不好好看书！就不要或说八道！！！！！！！！！
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11楼2013-06-16 17:12:54
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)
我没有说楼主。楼主看问题很仔细。
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12楼2013-06-16 17:15:39
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

基因是包括内含子的！
"A segment of a DNA molecule that contains the information required for the synthesis of a functional biological product,whether protein and RNA ,is referred to as gene."
From avid L.Nelson,Michael M.Cox,Lehingger Pricinples of Biochemistry,W.H.Freeman and Company,2008,5th edition,P271.
数据库给出的完整的基因序列包括有内含子和5’-UTR和3'UTR，里面含有多个终止子密码这不奇怪的；何况还没有考虑外显子在翻译水平和转录后水平的加工修饰。
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13楼2013-06-16 17:33:40
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

基因是包括内含子的！
"A segment of a DNA molecule that contains the information required for the synthesis of a functional biological product,whether protein and RNA ,is referred to as gene."
From David L.Nelson,Michael M.Cox,Lehingger Pricinples of Biochemistry,W.H.Freeman and Company,2008,5th edition,P271.
数据库给出的完整的基因序列包括有内含子和5’-UTR和3'UTR，里面含有多个终止子密码这不奇怪的；何况还没有考虑外显子在翻译水平和转录后水平的加工修饰。
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14楼2013-06-16 17:34:24
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

更正：
基因是包括内含子的！

基因的定义：
"A segment of a DNA molecule that contains the information required for the synthesis of a functional biological product,whether protein and RNA ,is referred to as gene."
------From David L.Nelson,Michael M.Cox,Lehinger Pricinples of Biochemistry,  W.H.Freeman and Company, 2008,5th edition,P271.

数据库给出的完整的基因的碱基序列包括外显子、内含子、5’-UTR和3'UTR，如此完整的基因的碱基序列里含有多个终止子密码这不奇怪的；何况还没有考虑外显子在翻译水平和转录后水平的加工修饰去除掉外显子中的多余的终止密码子。

我总是录入错误。
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15楼2013-06-16 17:38:10
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

某些文献上的一些定义本来就是相互矛盾的，定义应该以被最广泛承认的世界上最权威的生物化学与分子生物学教材为准；另外以具体的实验的客观事实为准。
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16楼2013-06-16 17:42:36
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137167741

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by lmcyjxs at 2013-06-15 11:17:06
我表示没有复制错~~看第一个图的链接http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JN391444.1，当你点击右边的“Highlight Sequence Features”，系统会将CDS区高亮显示，你可以试试。。。

第二个图是我自己的克隆的基 ...

你可以把你自己翻译的AA序列和http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JN391444.1给出的序列比对一下，我也确定网站上的这个序列不会出现多个终止密码子序列。
其次，如果是你自己克隆的序列，可能是测序错误，或者是克隆的错配，这样子的情况在测序中会常有~~

在此确认，http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucl ... amp;RID=VRP0PJY2015中也没有提前出现终止密码子~~
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总有一天我要修改用户名。
17楼2013-06-16 21:35:30
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137167741

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
16楼: Originally posted by 凌波丽 at 2013-06-16 17:42:36
某些文献上的一些定义本来就是相互矛盾的，定义应该以被最广泛承认的世界上最权威的生物化学与分子生物学教材为准；另外以具体的实验的客观事实为准。

基因的DNA序列式包括内含子等等序列，其他的就不能这么说了，一个基因，序列多长，包括那些原件，是需要指明是基因的什么序列DNA，mRNA，CDS？等等，单纯说基因包不包括内含子，没有意义~~
呵呵
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总有一天我要修改用户名。
18楼2013-06-16 22:41:00
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)
补充：克隆基因与表达基因时也要对coding sequence和coding region加以注意。

因为真核细胞中的翻译后加工过程肯定比原核生物要复杂很多，所以有些的出现在编码区的终止密码子在真核细胞中会得到纠正，但是在原核细胞中可能无法纠正，导致表达失败。所以在构建载体时应该尽量不要让真核基因的编码区的终止密码子存在，构架基因时就应该加以修订，改变非终止。可以用软件大致模拟一下要表达的蛋白质（如果已有天然构象就不用做了），大致知道编码区的终止密码子存在与蛋白质什么位置，如果知道天然蛋白质的氨基酸序列就直接改成成熟的蛋白质的此位点的氨基酸的密码子，如果不知道知道天然蛋白质的氨基酸序列就直接改成成熟的蛋白质的此位点的氨基酸那么就改为其同一条肽链的同种构象部分的相邻氨基酸残基的同属性的氨基酸的密码子。
另外，有时数据库给出的编码区，未必就是真的编码区，可能就是全基因序列，包括5’-UTR,3’-UTR,intron和exon。你适当的多差一些数据库和原始论文。因为不少人对coding sequence和coding region不同的理解。

因为小木虫的帖子流动性非常大，所以我回答问题尽量完整，有些内容肯定会在不同的我回答的帖子中重复出现，但是这不是我要偷懒，而是这是我回答时认为的最好的答案。
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19楼2013-06-20 22:38:47
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木虫 (著名写手)
引用回帖:
17楼: Originally posted by 137167741 at 2013-06-16 21:35:30
你可以把你自己翻译的AA序列和http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JN391444.1给出的序列比对一下，我也确定网站上的这个序列不会出现多个终止密码子序列。
其次，如果是你自己克隆的序列，可能是测序错误，或者 ...

137167741说的没错。看了VERSION     JN391444.1  GI:386956632 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JN391444.1，这是DNA序列。一般说的mRNA是剪切加工成熟的，就是其中1..283和904..2353剪切后连起来的部分，而CDS是编码区，是指扣除前后非翻译区的，就是106..283和904..1865连起来的1140bp部分，这部分从ATG开始到TGA结束，正常翻译得到379个氨基酸。与AFJ49141.1 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/386956633是可以对应起来的。楼主说有终止密码子，要是是得到的序列缺失或插入，或者不理解公布的序列信息，弄错了，甚至专业里生物偏点，基础知识掌握不够好，PCR扩增的是总基因组DNA，也是可能的。
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为什么
20楼2013-06-20 23:54:23
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