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lmcyjxs

金虫 (正式写手)

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[求助] 大牛来指点下啊~CDS区到底含不含内含子？看了相关的帖反而把我搞糊涂了

各位大侠，我要崩溃了，不是说我没之前没看过帖，而是看了帖之后把我搞混了。
   1 CDS区到时含不含内含子？有一个老师说不含，一个说含，我看了论坛，两种说法我都好像看过。我认为是不含的。
   2 如果CDS区不含内含子，有些基因在NCBI里查到的，标题上注明是全长CDS区，但下面的注释里却显示含有很多个CDS区，基因序列也显示含有多个CDS区，如图1，难道CDS区真含有内含子才是正解？但为什么我克隆了一个基因，反转录得到的，不含内含子了，获得的基因就跟图1情况一样，终止密码子还更多，导致多个CDS区存在，怎么会这样呢？如图2
   3 若在一个基因序列里，含有多个CDS区（就是在多个不同位置含终止密码子），连接到表达载体是不是指翻译其识别的第一个CDS？

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思路决定出路。。。

1楼 2013-06-14 16:15:35

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至尊木虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

引用回帖:

9楼: Originally posted by lmcyjxs at 2013-06-15 11:17:06
我表示没有复制错~~看第一个图的链接http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JN391444.1，当你点击右边的“Highlight Sequence Features”，系统会将CDS区高亮显示，你可以试试。。。

第二个图是我自己的克隆的基 ...

你可以把你自己翻译的AA序列和http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JN391444.1给出的序列比对一下，我也确定网站上的这个序列不会出现多个终止密码子序列。
其次，如果是你自己克隆的序列，可能是测序错误，或者是克隆的错配，这样子的情况在测序中会常有~~

在此确认，http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucl ... amp;RID=VRP0PJY2015中也没有提前出现终止密码子~~