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lmcyjxs

金虫 (正式写手)

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[求助] 大牛来指点下啊~CDS区到底含不含内含子？看了相关的帖反而把我搞糊涂了

各位大侠，我要崩溃了，不是说我没之前没看过帖，而是看了帖之后把我搞混了。
   1 CDS区到时含不含内含子？有一个老师说不含，一个说含，我看了论坛，两种说法我都好像看过。我认为是不含的。
   2 如果CDS区不含内含子，有些基因在NCBI里查到的，标题上注明是全长CDS区，但下面的注释里却显示含有很多个CDS区，基因序列也显示含有多个CDS区，如图1，难道CDS区真含有内含子才是正解？但为什么我克隆了一个基因，反转录得到的，不含内含子了，获得的基因就跟图1情况一样，终止密码子还更多，导致多个CDS区存在，怎么会这样呢？如图2
   3 若在一个基因序列里，含有多个CDS区（就是在多个不同位置含终止密码子），连接到表达载体是不是指翻译其识别的第一个CDS？

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思路决定出路。。。

1楼 2013-06-14 16:15:35

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

凌波丽

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+5, 很详细，鼓励交流 2013-06-16 21:02:18
lmcyjxs: 金币+2, ★★★★★最佳答案, 看到这么热心的回复，心情好激动！非常感谢！感谢你的慷慨解囊，表示学到不少东西！呵呵 2013-06-16 23:52:12

说明几点（给出具体文献！）：
1.编码区（cds）就是指成熟mRNA的外显子（exon）区域，有些mRNA的前体切割下的内含子(intron)区域也可以编码，比如snoRNA就是用一些mRNA的内含子(intron)编码的，那种情况相对而言比较少见。
cds定义：
http://www.answers.com/topic/coding-region
“Oxford Dictionary of Biochemistry: coding region
or coding sequence
or coding sequence
1.(of a DNA molecule) an alternative name for exon.
2.(of a messenger RNA molecule) the portion of its complete nucleotide sequence that is translatable into polypeptide. It starts with the initiation codon AUG and ends with one of the termination codons UAA, UAG, or UGA.”
Read more: http://www.answers.com/topic/coding-region#ixzz2WMqFAxT2
另见：B.Lewin,Genes IX,JONES AND BARTLETT PUBLISHERS,2008,P848:
"A coding region is a part of the gene that represents aprotein sequence."
2.不同的基因可能编码区域会有所重叠（即读码框不同），比如抗体的可变区的编码区。
3编码区（cds）内有时的确会有终止密码子存在，我就是说外显子序列，这时细胞（原核细胞、真核细胞都包括，还包括病毒侵入原核细胞、真核细胞后的病毒基因的翻译情况）的转录后水平和翻译可能会采取三种措施来消除终止密码子的翻译终止的作用：（1）RNA modification（原位改变碱基或者糖环）。（2）RNA editing（既有原位改变碱基又有插入或删除剪辑）。RNA modification与RNA editing的除改变位点外的其他区别在：RNA modification的种类比RNA editing要多很多；RNA editing可以插入和删除RNA的碱基----及改变RNA的碱基数量，RNA修饰不会；RNA editing的后果很多与翻译直接相关，RNA modification不强调这点。（3）Translational Hopping.翻译跳读，核糖体在翻译时有一段编码区不翻译直接跳过，并且可能造成以后的ORF的改变，比如T4噬菌体。（4）Recoding。比如特殊位置的UGA可以编码硒代半胱氨酸，Selenocysteine，这是改变密码子的原始含义；但是还有另外的情况：核糖体在翻译时发生编码框的移动，经常是以一个碱基的位置，并且可能造成以后的ORF的改变；最后核糖体翻译一个氨基酸而直接占用四个碱基并且造成以后的ORF的改变。
2与3参考文献：
(1)B.Lewin,Genes IX,JONES AND BARTLETT PUBLISHERS,2008,P37-54;
(2)M.B.Mathews,N.Sonenberg,J.W.B.Hershey edit,Translational Control in Biology and Medicine,Cold Spring Habor Laboratory Press,2007,,P625-654.