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guxinkoo

新虫 (小有名气)

[求助] 如何进行基因中外显子和内含子的分析

本人想做人β-酪蛋白全基因测序,但是不知道如何判断哪段是外显子,哪段是内含子,菜鸟一枚,问题有点白,请各位高手教教小弟,谢谢!
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dcb005

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, Gifts of roses, hand there are lingering fragrance. Look forward to your wonderful and more detailed answer. 2013-06-22 16:53:29
guxinkoo: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-06-27 16:07:06
很简单啊,分别用cDNA和genomic DNA 做模板,之后送去测序,cDNA 不包含的序列不就是内含子
★穷则独善其身,达则兼济天下★
4楼2013-06-22 11:54:30
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查看全部 12 个回答

137167741

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, Gifts of roses, hand there are lingering fragrance. Look forward to your wonderful and more detailed answer. 2013-06-22 16:53:13
第一、序列是否已知
第二、mRNA是否已知
第三、cds是否已知
第四、其他相近物种相关信息是否已知
第五、序列比对
总有一天我要修改用户名。
2楼2013-06-22 09:26:25
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robustli

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, Gifts of roses, hand there are lingering fragrance. Look forward to your wonderful and more detailed answer. 2013-06-22 16:53:21
如果知道基因组序列可以用genescan先预测一下外显子部分,剩下的就应该是内含子了
immunologyparasite
3楼2013-06-22 11:16:03
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guxinkoo

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 137167741 at 2013-06-22 09:26:25
第一、序列是否已知
第二、mRNA是否已知
第三、cds是否已知
第四、其他相近物种相关信息是否已知
第五、序列比对

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucc ... amp;amp;strand=true
这是我在ncbi上查到的相关信息,请问根据里面的序列,直接设计引物进行PCR可以吗?是否还需要再查一些其它信息呢?
5楼2013-06-22 12:41:57
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