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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 怎么能设计出跨内含子的引物？
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biofeixue

木虫 (著名写手)

[求助] 怎么能设计出跨内含子的引物？

我查了基因了cDNA,用primer premier 5.0设计了一些引物，我怎么能看出我的引物有没有跨内含子。
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1楼2011-05-26 05:39:08
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

biofeixue(金币+5): 是不是我应该同时把full length cDNA，和full length genomic同时查出来？ 2011-05-26 07:30:58
拿引物和基因组DNA比对。
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2楼2011-05-26 07:26:34
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

没有其他信息的情况下两个都下载了。
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3楼2011-05-26 07:46:06
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beautybanana

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

biofeixue(金币+2): 2011-05-27 08:18:26
引用回帖:
Originally posted by biofeixue at 2011-05-26 05:39:08:
我查了基因了cDNA,用primer premier 5.0设计了一些引物，我怎么能看出我的引物有没有跨内含子。

你在NCBI里检查下那段cDNA，对照下里面的序列看看里面有没有夸内含子，不过你要有mRNA为模板做RT-PCR的话只要引物可以也没必要看了。
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4楼2011-05-26 10:34:56
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)

【答案】应助回帖

biofeixue(金币+3): 2011-05-27 08:18:30
引用回帖:
Originally posted by beautybanana at 2011-05-26 10:34:56:
你在NCBI里检查下那段cDNA，对照下里面的序列看看里面有没有夸内含子，不过你要有mRNA为模板做RT-PCR的话只要引物可以也没必要看了。

楼主跨内含子应该是想防止基因组DNA扩增吧。

这个得把mRNA或cDNA的序列找来看了。应该有你们领域专门的数据库，里面可以查到某个基因内含子外显子的序列。这方面请教下你们实验室的老师或同学们吧。
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5楼2011-05-26 12:40:15
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wfli.bees

铁虫 (初入文坛)
要想设计出跨内含子的引物，首先应当明确序列的内含子所在的位置，已知基因的cDNA，要找到其内含子位置很简单方法，利用NCBI提供的Splign程序(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/suti ... ine&level=form)就可办到，具体操作就不多说了，有个前提是你的序列要有相应的基因组记录。
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6楼2012-08-02 20:10:41
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wfli.bees

铁虫 (初入文坛)
刚刚链接不正常，应该是这个http://www.ncbi.nlm.nih.gov/suti ... line&level=form
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7楼2012-08-02 20:12:34
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