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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 如何进行基因中外显子和内含子的分析
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)
实际上预测真核基因的结构有很多种预测方法和免费的网站。
具体请参见：
薛庆中 等编著，DNA和蛋白质序列数据分析工具，科学出版社，2012，第三版，25-39，第2章 真核基因结构的预测，其中有GENSCAN（针对基因组ＤＮＡ序列预测可读框和基因结构）: http://genes.mit.edu/GENSCAN.html  的操作介绍，还有CpGplot（CpG岛预测）: http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/index.html  ,PromoterScan（启动子区域i预测）: http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan  的介绍。也介绍了 用软件CodonW 计算基因密码子偏好性，CodonW 能够在Windows系统下运行，可以从http://codonw.sourcerforge.net  下载。
基因功能分类可以用Gene Ontology : http://www.geneontology.org  进入界面后在基因功能数据库中搜索目的基因可能的生物学功能，或者特定的生物学功能有哪些基因可能参与。还可以到 Genecards 数据库去查询 感兴趣的基因的功能，Genecards http://www.genecards.org  .
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11楼2014-07-09 10:35:18
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)
可以用BioEdit或者DNAstar进行ORF预测。
启动BioEdit，选择File-->Open...,打开所要分析的DNA序列文件（碱基序列），如果不知道你的DNA序列文件（碱基序列）是哪一种格式，则选择对话框中"All Files"，BioEdit能够自动转换为其作支持的文件格式，但是有时可能有异常，建议DNA序列文件（碱基序列)使用FASTA格式。而后点击文件名称（对话框左边的你的DNA序列文件（碱基序列）的自取名字），选择Edit---->Search---->Find Next ORF,搜索时根据菜单上的Options---->Prefernce---->ORFs，设定起始密码子、终止密码子，order letter codes 等参数，搜索出来ORF后，选择Sequence----->Nucleic Acids---->Translate ----->Selection,程序会将翻译出的DNA序列标注上氨基酸，成为蛋白质序列。然后通过选择复制，把获得的文件保存下来。
至于格式转换，DNAstar就能够进行文件格式转换。
预测ORF时结合上面写的：GENSCAN（针对基因组ＤＮＡ序列预测可读框和基因结构）: http://genes.mit.edu/GENSCAN.html  的操作介绍，还有CpGplot（CpG岛预测）: http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/index.html  ,PromoterScan（启动子区域i预测）: http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan  的介绍。也介绍了 用软件CodonW 计算基因密码子偏好性，CodonW 能够在Windows系统下运行，可以从http://codonw.sourcerforge.net  下载。
基因功能分类可以用Gene Ontology : http://www.geneontology.org  进入界面后在基因功能数据库中搜索目的基因可能的生物学功能，或者特定的生物学功能有哪些基因可能参与。还可以到 Genecards 数据库去查询 感兴趣的基因的功能，Genecards http://www.genecards.org  .这部分湘江：薛庆中 等编著，DNA和蛋白质序列数据分析工具，科学出版社，2012，第三版，25-39，第2章 真核基因结构的预测，
DNAstar也可以进行ORF预测，今天没有时间了，具体请见网上的DNAstar软件使用说明。
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12楼2014-07-09 10:58:09
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