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guxinkoo

新虫 (小有名气)

[求助] 如何进行基因中外显子和内含子的分析

本人想做人β-酪蛋白全基因测序,但是不知道如何判断哪段是外显子,哪段是内含子,菜鸟一枚,问题有点白,请各位高手教教小弟,谢谢!
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

11楼2014-07-09 10:35:18
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普通回帖

137167741

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, Gifts of roses, hand there are lingering fragrance. Look forward to your wonderful and more detailed answer. 2013-06-22 16:53:13
第一、序列是否已知
第二、mRNA是否已知
第三、cds是否已知
第四、其他相近物种相关信息是否已知
第五、序列比对
总有一天我要修改用户名。
2楼2013-06-22 09:26:25
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robustli

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, Gifts of roses, hand there are lingering fragrance. Look forward to your wonderful and more detailed answer. 2013-06-22 16:53:21
如果知道基因组序列可以用genescan先预测一下外显子部分,剩下的就应该是内含子了
immunologyparasite
3楼2013-06-22 11:16:03
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dcb005

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, Gifts of roses, hand there are lingering fragrance. Look forward to your wonderful and more detailed answer. 2013-06-22 16:53:29
guxinkoo: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-06-27 16:07:06
很简单啊,分别用cDNA和genomic DNA 做模板,之后送去测序,cDNA 不包含的序列不就是内含子
★穷则独善其身,达则兼济天下★
4楼2013-06-22 11:54:30
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guxinkoo

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 137167741 at 2013-06-22 09:26:25
第一、序列是否已知
第二、mRNA是否已知
第三、cds是否已知
第四、其他相近物种相关信息是否已知
第五、序列比对

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucc ... amp;amp;strand=true
这是我在ncbi上查到的相关信息,请问根据里面的序列,直接设计引物进行PCR可以吗?是否还需要再查一些其它信息呢?
5楼2013-06-22 12:41:57
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guxinkoo

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by dcb005 at 2013-06-22 11:54:30
很简单啊,分别用cDNA和genomic DNA 做模板,之后送去测序,cDNA 不包含的序列不就是内含子

首先谢谢您的回复!
我刚接触这方面,不太懂您说的分别用cDNA 和genomic DNA为模版的意思,您方便说的详细些吗?是用这两个DNA为模板,用引物进行PCR然后测序吗?但是这个引物我也能更改怎么选呢?
6楼2013-06-22 12:45:30
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guxinkoo

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by robustli at 2013-06-22 11:16:03
如果知道基因组序列可以用genescan先预测一下外显子部分,剩下的就应该是内含子了

谢谢您的回复!
您说的genescan软件,您有吗,可以发给我吗?谢谢,
邮箱  guxinkoo@163.com
7楼2013-06-22 12:48:00
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dcb005

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by guxinkoo at 2013-06-22 12:45:30
首先谢谢您的回复!
我刚接触这方面,不太懂您说的分别用cDNA 和genomic DNA为模版的意思,您方便说的详细些吗?是用这两个DNA为模板,用引物进行PCR然后测序吗?但是这个引物我也能更改怎么选呢?...

是的,不同模板做PCR测序
★穷则独善其身,达则兼济天下★
8楼2013-06-23 13:01:41
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robustli

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

genescan is a open website. Go to this link http://genes.mit.edu/GENSCAN.html
immunologyparasite
9楼2013-06-24 22:05:50
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武穆大成

木虫 (著名写手)

笨蛋

【答案】应助回帖

http://biotf.cn/,这个网站上有很多这方面的东东,希望有帮助
10楼2013-06-25 09:25:23
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