24小时热门版块排行榜    

查看: 1538  |  回复: 5

小甜瓜lemon

银虫 (小有名气)

[交流] 请教做过人类基因外显子测序的朋友

人类的已知基因(NCBI有序列)如果比较大,外显子数目比较多,会不会比较难做全外显子测序?难在哪里?(用PCR扩增、一代测序技术)
比如60个、70个外显子,设计引物做PCR,之后利用PCR产物进行一代测序,会出现很多困难吗?返工率会很高吗?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

自助者天助
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

8wangle

至尊木虫 (文坛精英)

2楼2014-04-03 10:47:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

addict_cy

金虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流! 2014-04-03 11:56:18
小甜瓜lemon: 金币+2, 多谢! 2014-04-04 12:48:08
可以做,但做好返工准备,因为每个外显子序列特征不一样,尤其样本DNA不好的时候,不太好测;另外,有的区段如果测序质量不好,出现杂峰的话,需要双向测序验证

我们做过一个基因,总测序量大概是理论测序个数的1.5倍

如果外显子太多的话,倒不如直接作全外显子组测序(whole-exome sequencing),现在降价很厉害,几千RMB一个样,全基因组的外显子序列都有了
3楼2014-04-03 11:18:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小甜瓜lemon

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by addict_cy at 2014-04-03 11:18:30
可以做,但做好返工准备,因为每个外显子序列特征不一样,尤其样本DNA不好的时候,不太好测;另外,有的区段如果测序质量不好,出现杂峰的话,需要双向测序验证

我们做过一个基因,总测序量大概是理论测序个数的 ...

比较关注你说的,总测序量大概是理论测序个数的1.5倍,这一点,还想再请教您一下:这句话是不是说,其实基因大小是没有关系的,返工率大概就是这个数值,只不过外显子个数多的基数大,所以需要多次做,时间也更长一点
自助者天助
4楼2014-04-04 12:53:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

addict_cy

金虫 (小有名气)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
小甜瓜lemon: 金币+1, 谢谢 2014-04-08 09:40:58
引用回帖:
4楼: Originally posted by 小甜瓜lemon at 2014-04-04 12:53:04
比较关注你说的,总测序量大概是理论测序个数的1.5倍,这一点,还想再请教您一下:这句话是不是说,其实基因大小是没有关系的,返工率大概就是这个数值,只不过外显子个数多的基数大,所以需要多次做,时间也更长一 ...

不好说。我们做的基因大概是1.5倍:会有很多位置有杂峰,需要双向测通。整个测完其实花费的时间、精力挺多的
5楼2014-04-04 19:29:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小甜瓜lemon

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by addict_cy at 2014-04-04 19:29:12
不好说。我们做的基因大概是1.5倍:会有很多位置有杂峰,需要双向测通。整个测完其实花费的时间、精力挺多的...

呵呵 多谢!
自助者天助
6楼2014-04-08 09:41:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 小甜瓜lemon 的主题更新
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 4/200 2026-11-10 19:17 by czAiolzR0IJC
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 3/150 2026-11-10 16:43 by G2rhSvqvhNzl
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 3/150 2026-11-10 16:32 by G2rhSvqvhNzl
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 4/200 2026-11-10 12:52 by C6CRn66RYYXS
[考研] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 4/200 2026-11-10 11:46 by YHiw1gou1Eda
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 4/200 2026-11-10 11:35 by YHiw1gou1Eda
[教师之家] 延安大学回应“副教授留绝笔信”:确已离世,正核实举报内容 +4 yexuqing 2026-11-04 6/300 2026-11-10 11:13 by susizheng
[考博] 27博士申请 +3 白白白ly 2026-11-09 3/150 2026-11-09 21:39 by szq0819
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 kvewwGtKktqB 2026-11-04 12/600 2026-11-09 13:26 by Equinoxhua
[考研] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 15/750 2026-11-09 13:19 by Equinoxhua
[考研] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +6 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 14/700 2026-11-09 11:52 by GwrQVVR6Oenx
[考博] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 15/750 2026-11-09 11:41 by GwrQVVR6Oenx
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 10/500 2026-11-09 08:00 by IhnEQauGmT3K
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 8/400 2026-11-09 00:14 by l48hFd8Nwae2
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 11/550 2026-11-06 16:10 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 kvewwGtKktqB 2026-11-04 14/700 2026-11-06 05:10 by qL1cU46YIdK0
[考博] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 7/350 2026-11-06 02:13 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 02:04 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 9/450 2026-11-06 02:02 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 hNpp4Y2CGvSC 2026-11-04 12/600 2026-11-06 01:53 by qL1cU46YIdK0
信息提示
请填处理意见