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黑猩猩

新虫 (初入文坛)

[求助] 将一个基因的几段外显子拼在一起 已有8人参与

我通过PCR产物直接测序将一个基因的三段外显子测出来了,但是如何将这三段外显子拼起来,求指教!
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Fleaves

至尊木虫 (著名写手)

★ ★
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gyesang: 金币+1, 鼓励回帖交流! 2014-02-22 12:49:47
提取RNA,用cDNA做模板
3楼2014-02-20 12:43:10
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普通回帖

shiyiyaya

金虫 (正式写手)

★ ★ ★
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gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-02-22 12:48:45
使用overlap PCR。在几个外显子的连接处设计引物,能与前后两段完全互补。第一轮PCR结束之后,各取一点产物,再使用外侧的引物扩增。
祝好!
2楼2014-02-20 11:54:53
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Fleaves

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by shiyiyaya at 2014-02-20 11:54:53
使用overlap PCR。在几个外显子的连接处设计引物,能与前后两段完全互补。第一轮PCR结束之后,各取一点产物,再使用外侧的引物扩增。
祝好!

太麻烦了吧
4楼2014-02-20 12:43:31
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feilinshiji

银虫 (小有名气)


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引用回帖:
4楼: Originally posted by Fleaves at 2014-02-20 12:43:31
太麻烦了吧...

这已经是最简单的办法了,经费充足的话可以直接送公司合成
5楼2014-02-20 13:43:17
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北极胖熊

新虫 (小有名气)


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使用1楼的错拼法,不麻烦
6楼2014-02-20 15:41:26
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鬼羽帝魂

木虫 (著名写手)

★ ★
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gyesang: 金币+1, 鼓励回帖交流! 2014-02-22 12:49:34
可以SOE-PCR进行拼接
7楼2014-02-20 16:01:28
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grape_vine

金虫 (小有名气)


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直接在第一个和第三个外显子两端设计引物不就行了吗? 说实话,没看懂问题
8楼2014-02-21 23:18:12
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cs2951819

银虫 (小有名气)

非常同意一楼的做法,毕竟合成太贵了,如果资金不够的话

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
9楼2014-02-22 08:47:37
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)

★ ★ ★ ★ ★ ★
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gyesang: 金币+5, 老版主热心! 2014-02-22 12:49:23
Overlap PCR如果产物很长的话不容易做。做的话建议两两融合,同时融合三个片段会难很多。
个人更倾向于3楼的说法。提RNA,再反转录得到没有内含子的cDNA,然后用cDNA为模板直接扩增三个外显子。

如果技术成熟,都顺利的话,用cDNA扩增比Overlap PCR要快很多。当然,前者的试剂成本也高一点,但是得到的cDNA可以长期保存,也可以扩其他东西。不过我认为前者技术难度小一些,后者中间卡住的几率还是蛮高的。时间也是成本。

两者都是可行的,楼主结合自己对两种技术的掌握程度,还有实验室的情况选吧。
10楼2014-02-22 11:24:23
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