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QingdaoZD

新虫 (初入文坛)

[求助] 真菌基因组提取 已有3人参与

大家好,我是用CTAB法提取的一个致病真菌的基因组DNA用于基因组测序,电泳检测发现有严重的RNA污染,但是经RNA酶在37度条件下消化一小时后电泳检测依然有弥散。开始怀疑是RNA没消化完,延长消化时间和增加RNA酶的量,情况没有变化,依然有弥散在胶的最前端,请问这有可能是什么污染,如何处理。
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njuzhangxin

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你送去测序的公司不应该告诉你怎么处理么?我一个样品送去重测序,他们说我提供的DNA不好,我就直接让他们自己提了。
2楼2014-03-04 13:45:06
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yuren2009

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
是不是降解的小片段?试剂盒提取的质量还是有保证的。
学习使你立于不败之地
3楼2014-03-04 14:50:24
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QingdaoZD

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by njuzhangxin at 2014-03-04 13:45:06
你送去测序的公司不应该告诉你怎么处理么?我一个样品送去重测序,他们说我提供的DNA不好,我就直接让他们自己提了。

公司有给我建议,我完全照他的建议做后,结果还是一样,另外公司也将我的样品从新抽提了一遍,仍然是这个效果。
4楼2014-03-04 15:53:42
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三蛰

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与,应助指数 +1
QingdaoZD(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励交流 2014-03-04 18:02:19
我觉得这种情况有两种解释:
1,在没有对照的情况下,可能是RNA酶失活了。。。
2,有可能是你的基因组已经出现了严重的弥散。。。
我不会!
5楼2014-03-04 16:06:48
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QingdaoZD

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 三蛰 at 2014-03-04 16:06:48
我觉得这种情况有两种解释:
1,在没有对照的情况下,可能是RNA酶失活了。。。
2,有可能是你的基因组已经出现了严重的弥散。。。

首先基因组DNA条带清晰完整,在DNA条带与前端的弥散之间没有任何的东西可以看到。
其次多次试验都是这个结果,可以排除个例
再者,我也有怀疑RNase失活,重新买了酶,而且也用过别人实验室的RNA酶,结果是一样的,可以排除RNase失活的可能性 。
6楼2014-03-04 19:31:00
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动力小火车

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by QingdaoZD at 2014-03-04 19:31:00
首先基因组DNA条带清晰完整,在DNA条带与前端的弥散之间没有任何的东西可以看到。
其次多次试验都是这个结果,可以排除个例
再者,我也有怀疑RNase失活,重新买了酶,而且也用过别人实验室的RNA酶,结果是一样的 ...

会不会是基因组DNA降解了呢?
7楼2014-03-04 19:59:13
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