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嗰叽嗰叽

金虫 (小有名气)

[求助] 大肠杆菌为模板,想P其中一段基因,是提取它的基因组再PCR还是直接菌液PCR? 已有1人参与

如题,谢谢大家帮助回答!
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Wearehereandwearewating.
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luwei13566

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流! 2014-01-29 16:28:22
引用回帖:
8楼: Originally posted by 嗰叽嗰叽 at 2013-12-26 16:17:13
是不是因为菌液里有培养基,杂菌等影响后续实验?求指教...

菌液PCR重复性很差,菌液PCR其实就是通过高温变性这一步把细胞裂解掉使其DNA暴露释放出来,用释放出来的基因组做模板的PCR反应,但是由于你加的菌体浓度和菌体生长状态不同,你每次菌液PCR实际上模板的浓度都是不一样的!~模板浓度的忽高忽低又反过来影响你的整个PCR反应的效果~,也就是说你有时候能P出来,你有时候就完全有可能P不出来~~有时候量多有时候量少,这种存在无法重复出来风险的PCR,你会把他作为你下一步实验的出发点吗?
而且如果你的实验一开始是用菌落PCR拿的基因,别人完全有理由质疑你实验的可靠性,就算你后续实验上T载体测序正确,也会给人一种你的实验很缺乏严谨性的印象。会给自己制造一些不必要的麻烦~~
大家相互帮助哈
9楼2013-12-26 21:11:55
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luwei13566

木虫 (正式写手)

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-12-26 15:43:37
如果你确实是想拿到基因做后续试验的话,就必须提取基因组再PCR。
如果只是个普通的检测,菌落PCR也可以做个参考
大家相互帮助哈
7楼2013-12-26 15:35:40
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
嗰叽嗰叽: 金币+3, ★★★很有帮助, 那前辈你知道二者结果不同的区别吗?或者菌液无果的原因?多谢了 2013-12-19 20:54:16
提取基因组后再进行PCR比较靠谱,曾经也克隆一个基因,直接菌液PCR无果
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
2楼2013-12-19 20:41:53
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
嗰叽嗰叽: 金币+2, ★★★很有帮助, 谢了! 2013-12-20 14:11:51
引用回帖:
3楼: Originally posted by 嗰叽嗰叽 at 2013-12-19 20:55:15
小弟初学者 ,望加以指点!...

这个具体原因我也不知道哈,感觉纯基因组DNA和菌体差别很大,毕竟纯基因组DNA没有其他菌体成分等杂质,你都可以试一下,如果直接能有菌体PCR出条带就用不着抽提基因组DNA,我抽基因组DNA是因为我用菌体扩增基因的时候,没有条带
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
4楼2013-12-20 11:46:59
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dang_qi

银虫 (小有名气)

先提再批,菌液PCR一般用于检测
手指所触碰到的距离必有你所期待的风景.
5楼2013-12-20 16:56:47
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zt19900119

铜虫 (初入文坛)

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-12-26 15:43:27
都可以的,我们一般都是用菌液做模板,要是做不出来就提基因组。也可以把细菌煮一下,浓缩了之后做模板。
不管了
6楼2013-12-26 11:49:15
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luwei13566

木虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by luwei13566 at 2013-12-26 21:11:55
菌液PCR重复性很差,菌液PCR其实就是通过高温变性这一步把细胞裂解掉使其DNA暴露释放出来,用释放出来的基因组做模板的PCR反应,但是由于你加的菌体浓度和菌体生长状态不同,你每次菌液PCR实际上模板的浓度都是不一 ...

另外,鉴于Taq酶保真度的问题,如果序列偏大,而你用的酶保真度不高,上T载体测序发生了几个突变,到时候你真是有口难辨~~~
大家相互帮助哈
10楼2013-12-26 21:16:05
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普通回帖

嗰叽嗰叽

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gyesang at 2013-12-19 20:41:53
提取基因组后再进行PCR比较靠谱,曾经也克隆一个基因,直接菌液PCR无果

小弟初学者 ,望加以指点!
Wearehereandwearewating.
3楼2013-12-19 20:55:15
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嗰叽嗰叽

金虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by luwei13566 at 2013-12-26 15:35:40
如果你确实是想拿到基因做后续试验的话,就必须提取基因组再PCR。
如果只是个普通的检测,菌落PCR也可以做个参考

是不是因为菌液里有培养基,杂菌等影响后续实验?求指教
Wearehereandwearewating.
8楼2013-12-26 16:17:13
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