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汕头大学海洋科学接受调剂
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QingdaoZD

新虫 (初入文坛)

[求助] 真菌基因组提取 已有3人参与

大家好，我是用CTAB法提取的一个致病真菌的基因组DNA用于基因组测序，电泳检测发现有严重的RNA污染，但是经RNA酶在37度条件下消化一小时后电泳检测依然有弥散。开始怀疑是RNA没消化完，延长消化时间和增加RNA酶的量，情况没有变化，依然有弥散在胶的最前端，请问这有可能是什么污染，如何处理。
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1楼 2014-03-04 13:32:06
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njuzhangxin

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你送去测序的公司不应该告诉你怎么处理么？我一个样品送去重测序，他们说我提供的DNA不好，我就直接让他们自己提了。
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2楼2014-03-04 13:45:06
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yuren2009

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
是不是降解的小片段？试剂盒提取的质量还是有保证的。
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学习使你立于不败之地
3楼2014-03-04 14:50:24
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QingdaoZD

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by njuzhangxin at 2014-03-04 13:45:06
你送去测序的公司不应该告诉你怎么处理么？我一个样品送去重测序，他们说我提供的DNA不好，我就直接让他们自己提了。

公司有给我建议，我完全照他的建议做后，结果还是一样，另外公司也将我的样品从新抽提了一遍，仍然是这个效果。
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4楼2014-03-04 15:53:42
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三蛰

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
QingdaoZD(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励交流 2014-03-04 18:02:19
我觉得这种情况有两种解释：
1，在没有对照的情况下，可能是RNA酶失活了。。。
2，有可能是你的基因组已经出现了严重的弥散。。。
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我不会！
5楼2014-03-04 16:06:48
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QingdaoZD

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 三蛰 at 2014-03-04 16:06:48
我觉得这种情况有两种解释：
1，在没有对照的情况下，可能是RNA酶失活了。。。
2，有可能是你的基因组已经出现了严重的弥散。。。

首先基因组DNA条带清晰完整，在DNA条带与前端的弥散之间没有任何的东西可以看到。
其次多次试验都是这个结果，可以排除个例
再者，我也有怀疑RNase失活，重新买了酶，而且也用过别人实验室的RNA酶，结果是一样的，可以排除RNase失活的可能性 。
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6楼2014-03-04 19:31:00
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动力小火车

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by QingdaoZD at 2014-03-04 19:31:00
首先基因组DNA条带清晰完整，在DNA条带与前端的弥散之间没有任何的东西可以看到。
其次多次试验都是这个结果，可以排除个例
再者，我也有怀疑RNase失活，重新买了酶，而且也用过别人实验室的RNA酶，结果是一样的 ...

会不会是基因组DNA降解了呢？
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7楼2014-03-04 19:59:13
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