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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 细菌基因组中为什么会有多个16srDNA片段？
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oldrabbit01

新虫 (初入文坛)

[求助] 细菌基因组中为什么会有多个16srDNA片段？

最近用细菌16srDNA通用引物（338f/518r）做DGGE，结果在一个泳道中出现多条假单胞菌条带，很奇怪，怀疑是非特异性扩增。因此，拿这对引物（338f/518r）到NCBI与假单胞菌基因组比对一下，结果发现许多株假单胞菌基因组中有很多区域有16srDNA基因序列，在下十分疑惑，不知道是断裂基因呢？还是这个基因有多拷贝？如果说是断裂基因，据我所知，细菌基因一般不是连续的吗？如果是多拷贝基因，可是每一区域的16srDNA基因序列都有一定差异。请大侠指教。
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1楼 2013-11-15 23:27:10
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

圣迭戈

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

建议楼主看这篇文章，刚出的：Intragenomic Heterogeneity of 16S rRNA Genes Causes Overestimation of Prokaryotic Diversity.
特别是补充材料，里面列出了各种菌16S重复的情况，很详细。
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11楼2013-11-20 16:57:48
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zzl2516

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这很奇怪么。。。做DGGE不就是要找差异条带分析微生物多样性的么。。。你要只有一个条带才奇怪吧，你做跑DGGE的PCR产物之前没有跑过电泳确定大小么？如果之前跑电泳出现条带不单一那就说明有非特异性扩增，都不知道楼主弄明白DGGE是怎么回事了么有。。。DGGE就是用来确定16S rDNA的多样性的。。。这个多样性不是指你PCR产物的大小差异，而是序列差异，你要找的就是这个差异序列
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5楼2013-11-16 21:12:08
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zhenwuhuang

至尊木虫 (文学泰斗)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
细菌16SrDNA
http://www.doc88.com/p-114715526539.html
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10楼2013-11-18 14:21:13
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普通回帖

dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
16S rRNA gene里有保守区，也有可变区的，楼主的带差异应该不大吧
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2楼2013-11-16 09:17:30
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oldrabbit01

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by dllchina at 2013-11-16 09:17:30
16S rRNA gene里有保守区，也有可变区的，楼主的带差异应该不大吧

无语
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3楼2013-11-16 15:00:48
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oldrabbit01

新虫 (初入文坛)
所答非所问，如果不懂就不要乱说。
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4楼2013-11-16 15:04:04
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圣迭戈

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
有些细菌是会有1个以上16S的，不是断裂。你可以看看有些全基因组测序的文章，好多细菌都会有多个16S，并且互相之间也可能存在差异。
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6楼2013-11-16 22:08:31
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oldrabbit01

新虫 (初入文坛)
查到一篇英文，说得跟楼上一样，16S是multigene, 确有可能一种细菌有多个条带。谢谢了！
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7楼2013-11-17 21:07:53
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xinxiangyin

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
首先，16S rDNA的拷贝数多，例如大肠杆菌染色体上就有7个以16S-23S-5S顺序排列的rDNA转录单元，可以转录出7个16SrDNA序列；
甚么叫断裂基因，真核生物基因有内含子，剪切掉内含子后成熟，因此真核生物基因是断裂基因；
DGGE技术理论上能将差别哪怕是一个碱基的DNA片段区分开，因为只要有碱基差别就会被分开；
16S rDNA技术能进行种属鉴定，你确定假单胞菌只有一个属？
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8楼2013-11-18 13:07:01
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wangl2037

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我们以前用DGGE研究酒窖泥微生物多样性，也是这样的，你跑完了，去NCBI上对比一下同源性就知道了，本身有些菌就是有多个16S rDNA的。我们当时通用引物是在几组里面挑的，用的不同的，从总DNA中扩出来的条带数也不一样。

ps：5楼的朋友，他应该是跑了pcr产物的。感觉楼主的意思是，回收胶里面的分子量是一样，他觉得跑DGGE一个点样孔里面出来的条带就应该跟跑琼脂胶一样只出现一条带=。= 目测是原理没搞清楚~
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9楼2013-11-18 13:43:23
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