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oldrabbit01

新虫 (初入文坛)

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虫号: 1708035
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专业: 环境微生物学

[求助] 细菌基因组中为什么会有多个16srDNA片段？

最近用细菌16srDNA通用引物（338f/518r）做DGGE，结果在一个泳道中出现多条假单胞菌条带，很奇怪，怀疑是非特异性扩增。因此，拿这对引物（338f/518r）到NCBI与假单胞菌基因组比对一下，结果发现许多株假单胞菌基因组中有很多区域有16srDNA基因序列，在下十分疑惑，不知道是断裂基因呢？还是这个基因有多拷贝？如果说是断裂基因，据我所知，细菌基因一般不是连续的吗？如果是多拷贝基因，可是每一区域的16srDNA基因序列都有一定差异。请大侠指教。

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1楼 2013-11-15 23:27:10

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

wangl2037

银虫 (小有名气)

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专业: 微生物生理与生物化学

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

我们以前用DGGE研究酒窖泥微生物多样性，也是这样的，你跑完了，去NCBI上对比一下同源性就知道了，本身有些菌就是有多个16S rDNA的。我们当时通用引物是在几组里面挑的，用的不同的，从总DNA中扩出来的条带数也不一样。

ps：5楼的朋友，他应该是跑了pcr产物的。感觉楼主的意思是，回收胶里面的分子量是一样，他觉得跑DGGE一个点样孔里面出来的条带就应该跟跑琼脂胶一样只出现一条带=。= 目测是原理没搞清楚~