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2011210200

金虫 (小有名气)

[交流] 想做细菌16rsDNA和真菌18rsDNA的DGGE，16srDNA V3区PCR是怎么回事？

最近开始做不同施肥对土壤细菌、真菌多样性的影响，由于是新手，想请教各位大牛几个问题：看到有些做DGGE是PCR了两次，第一次是16srDNAPCR，第二次是V3区PCR，想问一下为什么要P两次呢？有的文献只写了16srDNA PCR后就去跑DGGE了，V3区PCR是否有必要？18srDNA做DGGE是否需要再做某个区的PCR吗？请大牛们指教，不胜感激！
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1楼 2013-02-26 17:23:25
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

DoRbIr

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
2011210200: 金币+8, 谢谢啊！明白了。 2013-02-28 14:20:13
DGGE一般跑的条带是500bp左右的，16S的全长是1.5K左右，所以不可能把整个16S拿去跑DGGE的。有的时候，为增加PCR的成功率，会先扩增16S全长，再特定扩增某个区域，毕竟DGGE的引物往往是要加GC-clamp的。你说的只写了16srDNA也应该是某个区域，而不是全长，你可以再看一下。18S也是同理的。
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7楼2013-02-27 16:23:46
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userhung

禁虫 (文学泰斗)
★ ★ ★ ★ ★ ★
2011210200(金币+1): 谢谢参与
scelab: 金币+5, 谢谢 2013-02-26 19:33:53
http://www.doc88.com/p-15028461028.html
http://www.dxy.cn/bbs/topic/15718080
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2391806
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4楼2013-02-26 18:03:36
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2011210200

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by userhung at 2013-02-26 18:03:36
http://www.doc88.com/p-15028461028.html
http://www.dxy.cn/bbs/topic/15718080
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2391806

那18srDNA做DGGE需要用某个区的引物扩增吗？
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5楼2013-02-26 18:49:45
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lhwen182

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by DoRbIr at 2013-02-27 16:23:46
DGGE一般跑的条带是500bp左右的，16S的全长是1.5K左右，所以不可能把整个16S拿去跑DGGE的。有的时候，为增加PCR的成功率，会先扩增16S全长，再特定扩增某个区域，毕竟DGGE的引物往往是要加GC-clamp的。你说的只写了 ...

就是这样
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8楼2013-02-28 12:11:56
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在雨中

金虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
2011210200: 金币+3, 谢谢这位热心人！ 2013-03-27 14:02:08
真菌推荐你用NS1和Fung引物。
细菌DGGE推荐你用341 518，都可以非常顺利的做出DGGE图谱来。
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10楼2013-03-27 09:25:26
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2011210200

金虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 在雨中 at 2013-03-27 09:25:26
真菌推荐你用NS1和Fung引物。
细菌DGGE推荐你用341 518，都可以非常顺利的做出DGGE图谱来。

能否给我一篇相关文献参考下啊，尤其是有详细的引物序列。谢谢您……
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11楼2013-03-27 14:01:44
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taoqi1986918

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
这个是最基础的喔，看看文献吧同学！

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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12楼2013-03-27 18:25:48
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oldrabbit01

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
扩增二次的是巢式PCR，第一次扩增大片段，第二次扩增其中一段小的，这样特异性好一些。
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13楼2013-11-17 21:10:33
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goingabroadb2楼
2013-02-26 17:53   回复  
2011210200(金币+1): 谢谢参与
champ3楼
2013-02-26 18:01   回复  
2011210200(金币+1): 谢谢参与
yingying15886楼
2013-02-26 20:36   回复  
doukezhiwu9楼
2013-03-01 07:23   回复  
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