版块导航: 正在加载中...

登录注册

应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜

返回列表

2011210200

金虫 (小有名气)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 857.3
帖子: 119
在线: 73.1小时
虫号: 1529761

[交流] 想做细菌16rsDNA和真菌18rsDNA的DGGE，16srDNA V3区PCR是怎么回事？

最近开始做不同施肥对土壤细菌、真菌多样性的影响，由于是新手，想请教各位大牛几个问题：看到有些做DGGE是PCR了两次，第一次是16srDNAPCR，第二次是V3区PCR，想问一下为什么要P两次呢？有的文献只写了16srDNA PCR后就去跑DGGE了，V3区PCR是否有必要？18srDNA做DGGE是否需要再做某个区的PCR吗？请大牛们指教，不胜感激！

回复此楼

» 猜你喜欢

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴

1楼 2013-02-26 17:23:25

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

DoRbIr

金虫 (正式写手)

应助: 23 (小学生)
金币: 1525.6
帖子: 686
在线: 750.2小时
虫号: 875515

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
2011210200: 金币+8, 谢谢啊！明白了。 2013-02-28 14:20:13

DGGE一般跑的条带是500bp左右的，16S的全长是1.5K左右，所以不可能把整个16S拿去跑DGGE的。有的时候，为增加PCR的成功率，会先扩增16S全长，再特定扩增某个区域，毕竟DGGE的引物往往是要加GC-clamp的。你说的只写了16srDNA也应该是某个区域，而不是全长，你可以再看一下。18S也是同理的。

赞一下(3人)

回复此楼

7楼2013-02-27 16:23:46

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

userhung

禁虫 (文学泰斗)

应助: 1505 (讲师)
贵宾: 1.347
金币: 107941
帖子: 122982
在线: 4265.2小时
虫号: 119626

★ ★ ★ ★ ★ ★
2011210200(金币+1): 谢谢参与
scelab: 金币+5, 谢谢 2013-02-26 19:33:53

http://www.doc88.com/p-15028461028.html
http://www.dxy.cn/bbs/topic/15718080
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2391806

赞一下

回复此楼

4楼2013-02-26 18:03:36

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

2011210200

金虫 (小有名气)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 857.3
帖子: 119
在线: 73.1小时
虫号: 1529761

引用回帖:

4楼: Originally posted by userhung at 2013-02-26 18:03:36
http://www.doc88.com/p-15028461028.html
http://www.dxy.cn/bbs/topic/15718080
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2391806

那18srDNA做DGGE需要用某个区的引物扩增吗？

赞一下

回复此楼

5楼2013-02-26 18:49:45

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

lhwen182

金虫 (正式写手)

应助: 11 (小学生)
金币: 2007.6
帖子: 545
在线: 191.1小时
虫号: 944589

引用回帖:

7楼: Originally posted by DoRbIr at 2013-02-27 16:23:46
DGGE一般跑的条带是500bp左右的，16S的全长是1.5K左右，所以不可能把整个16S拿去跑DGGE的。有的时候，为增加PCR的成功率，会先扩增16S全长，再特定扩增某个区域，毕竟DGGE的引物往往是要加GC-clamp的。你说的只写了 ...

就是这样

回复此楼

8楼2013-02-28 12:11:56

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖