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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 想做细菌16rsDNA和真菌18rsDNA的DGGE，16srDNA V3区PCR是怎么回事？
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2011210200

金虫 (小有名气)

[交流] 想做细菌16rsDNA和真菌18rsDNA的DGGE，16srDNA V3区PCR是怎么回事？

最近开始做不同施肥对土壤细菌、真菌多样性的影响，由于是新手，想请教各位大牛几个问题：看到有些做DGGE是PCR了两次，第一次是16srDNAPCR，第二次是V3区PCR，想问一下为什么要P两次呢？有的文献只写了16srDNA PCR后就去跑DGGE了，V3区PCR是否有必要？18srDNA做DGGE是否需要再做某个区的PCR吗？请大牛们指教，不胜感激！
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1楼 2013-02-26 17:23:25
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DoRbIr

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
2011210200: 金币+8, 谢谢啊！明白了。 2013-02-28 14:20:13
DGGE一般跑的条带是500bp左右的，16S的全长是1.5K左右，所以不可能把整个16S拿去跑DGGE的。有的时候，为增加PCR的成功率，会先扩增16S全长，再特定扩增某个区域，毕竟DGGE的引物往往是要加GC-clamp的。你说的只写了16srDNA也应该是某个区域，而不是全长，你可以再看一下。18S也是同理的。
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7楼2013-02-27 16:23:46
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userhung

禁虫 (文学泰斗)
★ ★ ★ ★ ★ ★
2011210200(金币+1): 谢谢参与
scelab: 金币+5, 谢谢 2013-02-26 19:33:53
http://www.doc88.com/p-15028461028.html
http://www.dxy.cn/bbs/topic/15718080
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2391806
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4楼2013-02-26 18:03:36
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2011210200

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by userhung at 2013-02-26 18:03:36
http://www.doc88.com/p-15028461028.html
http://www.dxy.cn/bbs/topic/15718080
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2391806

那18srDNA做DGGE需要用某个区的引物扩增吗？
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5楼2013-02-26 18:49:45
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lhwen182

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by DoRbIr at 2013-02-27 16:23:46
DGGE一般跑的条带是500bp左右的，16S的全长是1.5K左右，所以不可能把整个16S拿去跑DGGE的。有的时候，为增加PCR的成功率，会先扩增16S全长，再特定扩增某个区域，毕竟DGGE的引物往往是要加GC-clamp的。你说的只写了 ...

就是这样
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8楼2013-02-28 12:11:56
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