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看天

木虫 (知名作家)

[交流] 细菌总DNA提取条带诡异

（1）我的是梭菌，G+
（2）omega试剂盒提取，带玻璃粉的那种
（3）基因组大小4M，还有一个200kb的mega质粒
160V跑15min见下图：

野生菌 2012-11-30 15 小时 40 分钟.jpg
我的问题：
（1）我看别人提的总DNA都特别淡，为什么我的这么亮？
（2）听说在总DNA提取过程中DNA会断了成几十KB的片段，在琼脂糖上跑胶分不开，也只有一条带，可我的为什么两条带？
（3）如果有一条是质粒，上面的是质粒吧？，
（4）大家的总DNA提取图中在下部都有弥散的RNA条带，我的怎么这么干净？
（5）点的两个孔是同一个样，为什么右边那个还有好多在空里面不跑出来？

[ Last edited by 看天 on 2012-11-30 at 19:02 ]

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1楼 2012-11-30 19:00:36

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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

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看天: 金币+10, 谢谢 2012-12-01 14:29:43

1. 提总DNA也不一定很淡，看你上样量是多少了。不知道你点了多少，感觉至少有10ug。
2. 两条带大概是因为你的菌里有质粒吧。提出的染色体DNA一般会shear成几十K，质粒的结构相对来说更稳定，如果操作温柔的话应该是完整的。
3. 这个不是很确定，我个人也认为上面的是质粒。
4. 你用的盒子里面是否有消化RNA。还有，如果样品在-20度放置很久后RNA自己就慢慢降解了。
5. 跑不下来是因为有蛋白污染，形成DNA蛋白复合物。可能是样品没有溶解很均匀，大概你加右边的样的时候吸的蛋白多一些。