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oldrabbit01

新虫 (初入文坛)

[求助] 细菌基因组中为什么会有多个16srDNA片段?

最近用细菌16srDNA通用引物(338f/518r)做DGGE,结果在一个泳道中出现多条假单胞菌条带,很奇怪,怀疑是非特异性扩增。因此,拿这对引物(338f/518r)到NCBI与假单胞菌基因组比对一下,结果发现许多株假单胞菌基因组中有很多区域有16srDNA基因序列,在下十分疑惑,不知道是断裂基因呢?还是这个基因有多拷贝?如果说是断裂基因,据我所知,细菌基因一般不是连续的吗?如果是多拷贝基因,可是每一区域的16srDNA基因序列都有一定差异。请大侠指教。
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圣迭戈

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

建议楼主看这篇文章,刚出的:Intragenomic Heterogeneity of 16S rRNA Genes Causes Overestimation of Prokaryotic Diversity.
特别是补充材料,里面列出了各种菌16S重复的情况,很详细。
11楼2013-11-20 16:57:48
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zzl2516

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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这很奇怪么。。。做DGGE不就是要找差异条带分析微生物多样性的么。。。你要只有一个条带才奇怪吧,你做跑DGGE的PCR产物之前没有跑过电泳确定大小么?如果之前跑电泳出现条带不单一那就说明有非特异性扩增,都不知道楼主弄明白DGGE是怎么回事了么有。。。DGGE就是用来确定16S rDNA的多样性的。。。这个多样性不是指你PCR产物的大小差异,而是序列差异,你要找的就是这个差异序列
5楼2013-11-16 21:12:08
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zhenwuhuang

至尊木虫 (文学泰斗)

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10楼2013-11-18 14:21:13
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

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16S rRNA gene里有保守区,也有可变区的,楼主的带差异应该不大吧
2楼2013-11-16 09:17:30
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oldrabbit01

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by dllchina at 2013-11-16 09:17:30
16S rRNA gene里有保守区,也有可变区的,楼主的带差异应该不大吧

无语
3楼2013-11-16 15:00:48
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oldrabbit01

新虫 (初入文坛)

所答非所问,如果不懂就不要乱说。
4楼2013-11-16 15:04:04
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圣迭戈

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
有些细菌是会有1个以上16S的,不是断裂。你可以看看有些全基因组测序的文章,好多细菌都会有多个16S,并且互相之间也可能存在差异。
6楼2013-11-16 22:08:31
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oldrabbit01

新虫 (初入文坛)

查到一篇英文,说得跟楼上一样,16S是multigene, 确有可能一种细菌有多个条带。谢谢了!
7楼2013-11-17 21:07:53
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xinxiangyin

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

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首先,16S rDNA的拷贝数多,例如大肠杆菌染色体上就有7个以16S-23S-5S顺序排列的rDNA转录单元,可以转录出7个16SrDNA序列;
甚么叫断裂基因,真核生物基因有内含子,剪切掉内含子后成熟,因此真核生物基因是断裂基因;
DGGE技术理论上能将差别哪怕是一个碱基的DNA片段区分开,因为只要有碱基差别就会被分开;
16S rDNA技术能进行种属鉴定,你确定假单胞菌只有一个属?
8楼2013-11-18 13:07:01
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wangl2037

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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我们以前用DGGE研究酒窖泥微生物多样性,也是这样的,你跑完了,去NCBI上对比一下同源性就知道了,本身有些菌就是有多个16S rDNA的。我们当时通用引物是在几组里面挑的,用的不同的,从总DNA中扩出来的条带数也不一样。

ps:5楼的朋友,他应该是跑了pcr产物的。感觉楼主的意思是,回收胶里面的分子量是一样,他觉得跑DGGE一个点样孔里面出来的条带就应该跟跑琼脂胶一样只出现一条带=。= 目测是原理没搞清楚~
9楼2013-11-18 13:43:23
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