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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 细菌基因组中为什么会有多个16srDNA片段？
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oldrabbit01

新虫 (初入文坛)

[求助] 细菌基因组中为什么会有多个16srDNA片段？

最近用细菌16srDNA通用引物（338f/518r）做DGGE，结果在一个泳道中出现多条假单胞菌条带，很奇怪，怀疑是非特异性扩增。因此，拿这对引物（338f/518r）到NCBI与假单胞菌基因组比对一下，结果发现许多株假单胞菌基因组中有很多区域有16srDNA基因序列，在下十分疑惑，不知道是断裂基因呢？还是这个基因有多拷贝？如果说是断裂基因，据我所知，细菌基因一般不是连续的吗？如果是多拷贝基因，可是每一区域的16srDNA基因序列都有一定差异。请大侠指教。
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1楼 2013-11-15 23:27:10
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zzl2516

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这很奇怪么。。。做DGGE不就是要找差异条带分析微生物多样性的么。。。你要只有一个条带才奇怪吧，你做跑DGGE的PCR产物之前没有跑过电泳确定大小么？如果之前跑电泳出现条带不单一那就说明有非特异性扩增，都不知道楼主弄明白DGGE是怎么回事了么有。。。DGGE就是用来确定16S rDNA的多样性的。。。这个多样性不是指你PCR产物的大小差异，而是序列差异，你要找的就是这个差异序列
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5楼2013-11-16 21:12:08
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
16S rRNA gene里有保守区，也有可变区的，楼主的带差异应该不大吧
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2楼2013-11-16 09:17:30
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oldrabbit01

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by dllchina at 2013-11-16 09:17:30
16S rRNA gene里有保守区，也有可变区的，楼主的带差异应该不大吧

无语
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3楼2013-11-16 15:00:48
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oldrabbit01

新虫 (初入文坛)
所答非所问，如果不懂就不要乱说。
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4楼2013-11-16 15:04:04
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