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fukkim

新虫 (著名写手)

[求助] 如何上传菌株的序列号

文章都发表了,序列没有上传到ncbi网站,因为当时得到的是与基因库中重复的菌种,而且大量应用,我想知道的是:
1. 上传序列,获得序号的可能性是多大?要多久?
2. 必须是发表文章后才可能上传编号吗(另一篇论文要到2月接收)?
3. 注册要钱吗?费用是多少?

我第一次做这个事情!感觉在微生物方面还有很多事情要学习。
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No pains, no gains.
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鱼山听涛

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+3, good! 2013-01-03 15:57:51
首先,你的提问中有不确切的地方。你到底是要上传菌株在菌种保藏库里的编号,还是基因在GenBank中的编号?我估计是后者。如果是在GenBank中提交序列,我们的经验是:应该在投文章之前提交序列(你可以选择公开时间),大约等2周会有序列号给你,你的文章里面应该引用这个序列号。GenBank不负责审查你的序列正确与否,只负责形式审查,其他一切内容责任自负。完全免费。即便是完全一致的序列,也可以申请序列号。
书到用时方恨少
2楼2013-01-03 12:53:23
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55晴朗天天

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+3, 鼓励交流 2013-01-03 15:58:17
1,只要你按照genbank的要求上传 就会得到序列号,一般是5个工作日
2,Genbank对于你上传序列的时间没有要求,自己定,一般都是发文章前上传,写文章的时候把序列号标上(上传过程中会提示 一般 先不公开)
3,不要钱,免费的,按要求一步步填就好了~

祝一切顺利~
有梦就有希望!想就有可能!
3楼2013-01-03 14:43:54
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南冥耀炎

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
同学你的是一个片段序列还是一个基因组的完整序列?如果是片段序列,上面两位给你的建议是完全正确的。NCBI提交序列时如果没有发表文章的话,在发表文章名字那一栏你直接用英文写上“直接投递”就行了,那一栏不允许空的。如果是基因组的提交的话,就比较麻烦了,细菌的话还要申请WGS计划的账号之类的,如果流程熟悉,计算机玩的很好的话,大概半个月到1个月能搞定基因组提交。病毒的话速度更快,毕竟基因组的体积要远远小于细菌,而且病毒的貌似不需要申请WGS的号码。
4楼2013-01-03 21:15:54
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fukkim

新虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 鱼山听涛 at 2013-01-03 12:53:23
首先,你的提问中有不确切的地方。你到底是要上传菌株在菌种保藏库里的编号,还是基因在GenBank中的编号?我估计是后者。如果是在GenBank中提交序列,我们的经验是:应该在投文章之前提交序列(你可以选择公开时间) ...

只是部分序列。
No pains, no gains.
5楼2013-01-03 21:27:33
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fukkim

新虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 鱼山听涛 at 2013-01-03 12:53:23
首先,你的提问中有不确切的地方。你到底是要上传菌株在菌种保藏库里的编号,还是基因在GenBank中的编号?我估计是后者。如果是在GenBank中提交序列,我们的经验是:应该在投文章之前提交序列(你可以选择公开时间) ...

是基因在Genebank中的编号。
No pains, no gains.
6楼2013-01-03 21:27:55
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kiruwa

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
如果你的序列有chimera,那会花费很长的时间。
请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
7楼2013-01-04 07:53:03
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学之理

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 55晴朗天天 at 2013-01-03 14:43:54
1,只要你按照genbank的要求上传 就会得到序列号,一般是5个工作日
2,Genbank对于你上传序列的时间没有要求,自己定,一般都是发文章前上传,写文章的时候把序列号标上(上传过程中会提示 一般 先不公开)
3,不 ...

你好,请问你提交序列的时候会遇到这种情况嘛,怎么解决???
“Error:Sequence(s) provided in both FASTA file and text box. Please use either the text box OR upload a FASTA file.” 在下新手完全不知道该怎么办了。急等!!!
8楼2014-12-17 22:52:46
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学之理

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 南冥耀炎 at 2013-01-03 21:15:54
同学你的是一个片段序列还是一个基因组的完整序列?如果是片段序列,上面两位给你的建议是完全正确的。NCBI提交序列时如果没有发表文章的话,在发表文章名字那一栏你直接用英文写上“直接投递”就行了,那一栏不允许 ...

你好,请问你提交序列的时候会遇到这种情况嘛,怎么解决???
“Error:Sequence(s) provided in both FASTA file and text box. Please use either the text box OR upload a FASTA file.” 在下新手完全不知道该怎么办了。急等!!!
9楼2014-12-17 22:54:01
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