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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 如何上传菌株的序列号
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fukkim

新虫 (著名写手)

[求助] 如何上传菌株的序列号

文章都发表了，序列没有上传到ncbi网站，因为当时得到的是与基因库中重复的菌种，而且大量应用，我想知道的是：
1. 上传序列，获得序号的可能性是多大？要多久？
2. 必须是发表文章后才可能上传编号吗（另一篇论文要到2月接收）?
3. 注册要钱吗？费用是多少？

我第一次做这个事情！感觉在微生物方面还有很多事情要学习。
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No pains, no gains.
1楼 2013-01-03 10:37:59
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鱼山听涛

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+3, good! 2013-01-03 15:57:51
首先，你的提问中有不确切的地方。你到底是要上传菌株在菌种保藏库里的编号，还是基因在GenBank中的编号？我估计是后者。如果是在GenBank中提交序列，我们的经验是：应该在投文章之前提交序列（你可以选择公开时间），大约等2周会有序列号给你，你的文章里面应该引用这个序列号。GenBank不负责审查你的序列正确与否，只负责形式审查，其他一切内容责任自负。完全免费。即便是完全一致的序列，也可以申请序列号。
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书到用时方恨少
2楼2013-01-03 12:53:23
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55晴朗天天

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+3, 鼓励交流 2013-01-03 15:58:17
1，只要你按照genbank的要求上传 就会得到序列号，一般是5个工作日
2，Genbank对于你上传序列的时间没有要求，自己定，一般都是发文章前上传，写文章的时候把序列号标上（上传过程中会提示 一般 先不公开）
3，不要钱，免费的，按要求一步步填就好了~

祝一切顺利~
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有梦就有希望！想就有可能！
3楼2013-01-03 14:43:54
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南冥耀炎

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
同学你的是一个片段序列还是一个基因组的完整序列？如果是片段序列，上面两位给你的建议是完全正确的。NCBI提交序列时如果没有发表文章的话，在发表文章名字那一栏你直接用英文写上“直接投递”就行了，那一栏不允许空的。如果是基因组的提交的话，就比较麻烦了，细菌的话还要申请WGS计划的账号之类的，如果流程熟悉，计算机玩的很好的话，大概半个月到1个月能搞定基因组提交。病毒的话速度更快，毕竟基因组的体积要远远小于细菌，而且病毒的貌似不需要申请WGS的号码。
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4楼2013-01-03 21:15:54
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fukkim

新虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 鱼山听涛 at 2013-01-03 12:53:23
首先，你的提问中有不确切的地方。你到底是要上传菌株在菌种保藏库里的编号，还是基因在GenBank中的编号？我估计是后者。如果是在GenBank中提交序列，我们的经验是：应该在投文章之前提交序列（你可以选择公开时间） ...

只是部分序列。
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No pains, no gains.
5楼2013-01-03 21:27:33
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fukkim

新虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 鱼山听涛 at 2013-01-03 12:53:23
首先，你的提问中有不确切的地方。你到底是要上传菌株在菌种保藏库里的编号，还是基因在GenBank中的编号？我估计是后者。如果是在GenBank中提交序列，我们的经验是：应该在投文章之前提交序列（你可以选择公开时间） ...

是基因在Genebank中的编号。
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No pains, no gains.
6楼2013-01-03 21:27:55
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kiruwa

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
如果你的序列有chimera，那会花费很长的时间。
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请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
7楼2013-01-04 07:53:03
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学之理

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 55晴朗天天 at 2013-01-03 14:43:54
1，只要你按照genbank的要求上传 就会得到序列号，一般是5个工作日
2，Genbank对于你上传序列的时间没有要求，自己定，一般都是发文章前上传，写文章的时候把序列号标上（上传过程中会提示 一般 先不公开）
3，不 ...

你好，请问你提交序列的时候会遇到这种情况嘛，怎么解决？？？
“Error:Sequence(s) provided in both FASTA file and text box. Please use either the text box OR upload a FASTA file.” 在下新手完全不知道该怎么办了。急等！！！
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8楼2014-12-17 22:52:46
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学之理

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 南冥耀炎 at 2013-01-03 21:15:54
同学你的是一个片段序列还是一个基因组的完整序列？如果是片段序列，上面两位给你的建议是完全正确的。NCBI提交序列时如果没有发表文章的话，在发表文章名字那一栏你直接用英文写上“直接投递”就行了，那一栏不允许 ...

你好，请问你提交序列的时候会遇到这种情况嘛，怎么解决？？？
“Error:Sequence(s) provided in both FASTA file and text box. Please use either the text box OR upload a FASTA file.” 在下新手完全不知道该怎么办了。急等！！！
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9楼2014-12-17 22:54:01
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