24小时热门版块排行榜    

查看: 6995  |  回复: 5

彩虹菲儿

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何从NCBI上下载菌株的16S rDNA序列,请问在NCBI上如何下载?

为构建系统发育树,需要从NCBI上下载亲缘较近的菌株的16S rDNA序列,请问在NCBI上如何下载?希望大神们给出具体步骤!谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-10-09 15:42:53
用你克隆的序列直接到NCBI比对就行了。
如果你没有序列,就查一下其他人发表的PAPER,选其中一个16S rDNA序列再去比对。
2楼2012-10-09 11:13:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

彩虹菲儿

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by chenguestc at 2012-10-09 11:13:25
用你克隆的序列直接到NCBI比对就行了。
如果你没有序列,就查一下其他人发表的PAPER,选其中一个16S rDNA序列再去比对。

请问在NCBI上建的系统发育树如何下载?直接下载打开是乱码,且不能编辑
3楼2012-10-10 17:06:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

1,截图,然后再PHOTOSHOP里CROP一下就行了。
2,把这些序列拷贝出来,到BIOEDIT或者MEGA等软件里重新做系统发育树都是可以的。
4楼2012-10-11 08:45:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhoufeng1982

木虫 (著名写手)

知道了啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊
5楼2012-10-11 09:06:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

aloon111

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
比对后勾选想要的菌株,点send to,直接存为fasta格式的文档,这是批量下载,快的很。再用软件做树。
汇天下之贤
6楼2012-10-11 10:31:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 彩虹菲儿 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0703化学调剂,求各位老师收留 +7 秋有木北 2026-03-14 7/350 2026-03-15 17:30 by 小物理化学
[考研] 289求调剂 +4 这么名字咋样 2026-03-14 6/300 2026-03-14 18:58 by userper
[考研] 复试调剂 +4 z1z2z3879 2026-03-14 5/250 2026-03-14 16:30 by JourneyLucky
[考研] 求调剂,药学 +3 归零lbm 2026-03-09 5/250 2026-03-14 02:21 by JourneyLucky
[基金申请] 有必要更换申报口吗 20+3 fannyamoy 2026-03-11 3/150 2026-03-14 00:52 by zhanghaozhu
[考研] 0856材料与化工309分求调剂 +6 ZyZy…… 2026-03-10 6/300 2026-03-14 00:38 by JourneyLucky
[考研] 求调剂,一志愿江南大学环境工程085701 +3 Djdjj12 2026-03-10 4/200 2026-03-14 00:31 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +3 是Lupa啊 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:30 by JourneyLucky
[考研] 279求调剂 +3 抓着星星的女孩 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:47 by userper
[考研] 材料工程调剂 +9 咪咪空空 2026-03-12 9/450 2026-03-13 22:05 by 星空星月
[考研] 333求调剂 +3 球球古力 2026-03-11 3/150 2026-03-13 21:27 by JourneyLucky
[考研] 311求调剂 +3 冬十三 2026-03-13 3/150 2026-03-13 20:41 by JourneyLucky
[考研] 材料工程调剂 +4 咪咪空空 2026-03-11 4/200 2026-03-13 19:57 by JourneyLucky
[考研] 295求调剂 +3 小匕仔汁 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:17 by vgtyfty
[考研] 08食品或轻工求调剂,本科发表3篇sci一区top论文,一志愿南师大食品科学与工程 +3 我是一个兵, 2026-03-10 3/150 2026-03-13 10:21 by Yuyi.
[考研] 工科0856专硕化学工程269能调剂吗 +10 我想读研11 2026-03-10 10/500 2026-03-13 10:14 by Yuyi.
[考研] 270求调剂 085600材料与化工专硕 +3 YXCT 2026-03-11 3/150 2026-03-13 10:13 by houyaoxu
[考研] 083000环境科学与工程调剂 +8 mingmingry 2026-03-09 9/450 2026-03-11 10:23 by 沙漠之狐994
[考博] 26申博求助 +3 跳跃饼干 2026-03-10 4/200 2026-03-10 21:15 by Tntcnn
[考研] 327分求调剂086 +4 西红柿?小帅 2026-03-09 7/350 2026-03-10 14:47 by ruiyingmiao
信息提示
请填处理意见