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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 如何从NCBI上下载菌株的16S rDNA序列，请问在NCBI上如何下载？
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彩虹菲儿

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何从NCBI上下载菌株的16S rDNA序列，请问在NCBI上如何下载？

为构建系统发育树，需要从NCBI上下载亲缘较近的菌株的16S rDNA序列，请问在NCBI上如何下载？希望大神们给出具体步骤！谢谢
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1楼 2012-10-09 08:34:20
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aloon111

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
比对后勾选想要的菌株，点send to，直接存为fasta格式的文档，这是批量下载，快的很。再用软件做树。
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汇天下之贤
6楼2012-10-11 10:31:43
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-10-09 15:42:53
用你克隆的序列直接到NCBI比对就行了。
如果你没有序列，就查一下其他人发表的PAPER，选其中一个16S rDNA序列再去比对。
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2楼2012-10-09 11:13:25
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彩虹菲儿

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by chenguestc at 2012-10-09 11:13:25
用你克隆的序列直接到NCBI比对就行了。
如果你没有序列，就查一下其他人发表的PAPER，选其中一个16S rDNA序列再去比对。

请问在NCBI上建的系统发育树如何下载？直接下载打开是乱码，且不能编辑
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3楼2012-10-10 17:06:41
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

1，截图，然后再PHOTOSHOP里CROP一下就行了。
2，把这些序列拷贝出来，到BIOEDIT或者MEGA等软件里重新做系统发育树都是可以的。
赞一下 回复此楼
4楼2012-10-11 08:45:21
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