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彩虹菲儿

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何从NCBI上下载菌株的16S rDNA序列，请问在NCBI上如何下载？

为构建系统发育树，需要从NCBI上下载亲缘较近的菌株的16S rDNA序列，请问在NCBI上如何下载？希望大神们给出具体步骤！谢谢
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1楼 2012-10-09 08:34:20
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-10-09 15:42:53
用你克隆的序列直接到NCBI比对就行了。
如果你没有序列，就查一下其他人发表的PAPER，选其中一个16S rDNA序列再去比对。
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2楼2012-10-09 11:13:25
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彩虹菲儿

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by chenguestc at 2012-10-09 11:13:25
用你克隆的序列直接到NCBI比对就行了。
如果你没有序列，就查一下其他人发表的PAPER，选其中一个16S rDNA序列再去比对。

请问在NCBI上建的系统发育树如何下载？直接下载打开是乱码，且不能编辑
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3楼2012-10-10 17:06:41
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

1，截图，然后再PHOTOSHOP里CROP一下就行了。
2，把这些序列拷贝出来，到BIOEDIT或者MEGA等软件里重新做系统发育树都是可以的。
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4楼2012-10-11 08:45:21
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zhoufeng1982

木虫 (著名写手)
知道了啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊
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5楼2012-10-11 09:06:41
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aloon111

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
比对后勾选想要的菌株，点send to，直接存为fasta格式的文档，这是批量下载，快的很。再用软件做树。
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汇天下之贤
6楼2012-10-11 10:31:43
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