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oldrabbit01

新虫 (初入文坛)

[求助] 细菌基因组中为什么会有多个16srDNA片段?

最近用细菌16srDNA通用引物(338f/518r)做DGGE,结果在一个泳道中出现多条假单胞菌条带,很奇怪,怀疑是非特异性扩增。因此,拿这对引物(338f/518r)到NCBI与假单胞菌基因组比对一下,结果发现许多株假单胞菌基因组中有很多区域有16srDNA基因序列,在下十分疑惑,不知道是断裂基因呢?还是这个基因有多拷贝?如果说是断裂基因,据我所知,细菌基因一般不是连续的吗?如果是多拷贝基因,可是每一区域的16srDNA基因序列都有一定差异。请大侠指教。
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oldrabbit01

新虫 (初入文坛)

所答非所问,如果不懂就不要乱说。
4楼2013-11-16 15:04:04
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
16S rRNA gene里有保守区,也有可变区的,楼主的带差异应该不大吧
2楼2013-11-16 09:17:30
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oldrabbit01

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by dllchina at 2013-11-16 09:17:30
16S rRNA gene里有保守区,也有可变区的,楼主的带差异应该不大吧

无语
3楼2013-11-16 15:00:48
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zzl2516

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这很奇怪么。。。做DGGE不就是要找差异条带分析微生物多样性的么。。。你要只有一个条带才奇怪吧,你做跑DGGE的PCR产物之前没有跑过电泳确定大小么?如果之前跑电泳出现条带不单一那就说明有非特异性扩增,都不知道楼主弄明白DGGE是怎么回事了么有。。。DGGE就是用来确定16S rDNA的多样性的。。。这个多样性不是指你PCR产物的大小差异,而是序列差异,你要找的就是这个差异序列
5楼2013-11-16 21:12:08
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