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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 细菌基因组中为什么会有多个16srDNA片段？
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oldrabbit01

新虫 (初入文坛)

[求助] 细菌基因组中为什么会有多个16srDNA片段？

最近用细菌16srDNA通用引物（338f/518r）做DGGE，结果在一个泳道中出现多条假单胞菌条带，很奇怪，怀疑是非特异性扩增。因此，拿这对引物（338f/518r）到NCBI与假单胞菌基因组比对一下，结果发现许多株假单胞菌基因组中有很多区域有16srDNA基因序列，在下十分疑惑，不知道是断裂基因呢？还是这个基因有多拷贝？如果说是断裂基因，据我所知，细菌基因一般不是连续的吗？如果是多拷贝基因，可是每一区域的16srDNA基因序列都有一定差异。请大侠指教。
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1楼 2013-11-15 23:27:10
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xinxiangyin

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
首先，16S rDNA的拷贝数多，例如大肠杆菌染色体上就有7个以16S-23S-5S顺序排列的rDNA转录单元，可以转录出7个16SrDNA序列；
甚么叫断裂基因，真核生物基因有内含子，剪切掉内含子后成熟，因此真核生物基因是断裂基因；
DGGE技术理论上能将差别哪怕是一个碱基的DNA片段区分开，因为只要有碱基差别就会被分开；
16S rDNA技术能进行种属鉴定，你确定假单胞菌只有一个属？
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8楼2013-11-18 13:07:01
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
16S rRNA gene里有保守区，也有可变区的，楼主的带差异应该不大吧
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2楼2013-11-16 09:17:30
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oldrabbit01

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by dllchina at 2013-11-16 09:17:30
16S rRNA gene里有保守区，也有可变区的，楼主的带差异应该不大吧

无语
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3楼2013-11-16 15:00:48
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oldrabbit01

新虫 (初入文坛)
所答非所问，如果不懂就不要乱说。
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4楼2013-11-16 15:04:04
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