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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 细菌全基因组测序中不同的scaffold如何处理
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纸鸢花

金虫 (正式写手)

[求助] 细菌全基因组测序中不同的scaffold如何处理

刚刚接触这方面知识，测了一个细菌的精细图，回来后测序公司拼接成18个scaffold，想问问这些scaffold之间是什么关系，可能小的被包含在大的里吗？因为还存在许多gap,我应该如何处理这些scaffold呢？
非常感谢了
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每天动一动，收点金币就行了
1楼 2014-10-27 20:21:38
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小花猫阿

新虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-10-30 11:30:49
基因组de novo测序，通过reads拼接获得Contigs后，往往还需要构建454 Paired-end库或Illumina Mate-pair库，以获得一定大小片段（如3Kb、6Kb、10Kb、20Kb）两端的序列。基于这些序列，可以确定一些Contig之间的顺序关系，这些先后顺序已知的Contigs组成Scaffold。
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8楼2014-10-29 13:36:42
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