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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 系统发育树里，为何自己测序的序列都聚成一簇
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149786894

新虫 (初入文坛)

[求助] 系统发育树里，为何自己测序的序列都聚成一簇

细菌16S基因建树后，我的几个序列都聚在发育树的最下面（BH001-7……BH001-8……）；
而他们在NCBI上比对后都是能鉴定到变形菌门的种属，如BQ004-4-4是梭菌纲(Clostridia)，BH001-7为γ-变形菌纲 假单胞菌目 冷杆菌属，其他也是γ-变形菌纲；

有人说，因为序列方向反了所致。但是我把序列3'-5'转向后，还是这样；换成互补序列，遗传序列的距离更远，都建不成树了。

我应该怎么解释呢，这几个序列都是我所研究的细菌群落里的优势种呢！需重点解释的！

图片1.jpg
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1楼 2013-01-04 16:44:48
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candle_L

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
BQ都是你自己的样本？ 1.序列是不是比对过了； 2.如果比对过了，是不是Cluster1的种类本来就与上面的差异比较大，以及片段都是16s的同一个片段？因为可能你扩出的部分，与其他下载的不是同一部分。
至于处在发育树最根部的问题，这个可以不用管，根部是可以设置的，这个需要通过外群来帮助。在没有外群的情况下，它就是一张平面的网状结构，与谁在下面，谁在上面关系不大。
信息量不是很多，所以只能提供假设给楼主参考了。
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2楼2013-01-05 09:52:04
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wubingqi

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你去找一株古细菌，和你的序列同样建树，正常情况下古细菌应该单独作为一个外群存在，如果有序列也其他大部分菌的进化距离比古菌还远，那就是序列弄反了，需要的是反向互补，不仅仅是单独反向或是互补！
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3楼2013-01-05 10:39:14
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149786894

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wubingqi at 2013-01-05 10:39:14
你去找一株古细菌，和你的序列同样建树，正常情况下古细菌应该单独作为一个外群存在，如果有序列也其他大部分菌的进化距离比古菌还远，那就是序列弄反了，需要的是反向互补，不仅仅是单独反向或是互补！

谢谢！反向互补就是 reverse complemented 对吧？我重新建树试试。一直不明白为什么会出现方向反了这种情况呢？
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4楼2013-01-05 13:24:33
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wubingqi

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
149786894: 金币+1, ★★★★★最佳答案, 回答准确 2013-01-05 16:33:25
引用回帖:
4楼: Originally posted by 149786894 at 2013-01-05 13:24:33
谢谢！反向互补就是 reverse complemented 对吧？我重新建树试试。一直不明白为什么会出现方向反了这种情况呢？...

DNA两条链，测序返回的结果都是5‘-3’，你有的采用了正链有的负链，这样在Genbank比对时候没什么不同，但是建树就不行了
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5楼2013-01-05 14:16:10
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149786894

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by candle_L at 2013-01-05 09:52:04
BQ都是你自己的样本？ 1.序列是不是比对过了； 2.如果比对过了，是不是Cluster1的种类本来就与上面的差异比较大，以及片段都是16s的同一个片段？因为可能你扩出的部分，与其他下载的不是同一部分。
至于处在发育树 ...

都是16S 序列。原因找到了，就是楼上GG说的序列方向问题。
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6楼2013-01-05 16:26:48
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htt-

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 149786894 at 2013-01-05 16:26:48
都是16S 序列。原因找到了，就是楼上GG说的序列方向问题。...

请问你是怎么把序列反过来，是用primer打开的时候采用reverse得到的吗？我把序列反了还是不行是怎么回事？谢谢 求解答
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7楼2016-09-18 21:00:34
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