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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 菌种资源 » 不知道选怎样的序列进行系统发育树的构建，选多少？
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会飞的青菜妹

木虫 (小有名气)

[求助] 不知道选怎样的序列进行系统发育树的构建，选多少？ 已有4人参与

已经16S rDNA 测序，然后在NCBI进行比对，但是不知道选怎样的序列进行系统发育树的构建，选多少？
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1楼 2014-05-25 21:49:40
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

★
会飞的青菜妹: 金币+1 2014-06-20 13:56:23
补充一句，EZBIOCLOUd列上去的都是发表中，有时候In press分类单元也会列上，比较权威，韩国prof.chun 的chunlab旗下服务器，看NCBI的一个重要性在于看你的竞争对手有多少，现在新种也不是那么容易发了，经常你刚做完，别人发表，你的就无效了
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7楼2014-05-27 18:43:30
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
看NCBI比对结果，如果绝大多数，比如，前一二十个都是一个属的，相似度也很高，原则上，调取本属全部序列画树即可，为了树形稳定，可以加上邻近属的典型种作为外群（outgroup）。
如果是属，就比较麻烦了，建议你先看看推荐的帖子
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2楼2014-05-26 10:21:14
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会飞的青菜妹

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by dllchina at 2014-05-26 10:21:14
看NCBI比对结果，如果绝大多数，比如，前一二十个都是一个属的，相似度也很高，原则上，调取本属全部序列画树即可，为了树形稳定，可以加上邻近属的典型种作为外群（outgroup）。
如果是属，就比较麻烦了，建议你先 ...

如果是属，就比较麻烦,这什么意思，鉴定出来比对，都查的是属啊
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3楼2014-05-26 17:18:31
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 会飞的青菜妹 at 2014-05-26 17:18:31
如果是属，就比较麻烦,这什么意思，鉴定出来比对，都查的是属啊...

意思是离得最近的是不同属的，考虑是新属，画树就稍微麻烦点，不过嘛是相对新种说的

[ 发自小木虫客户端 ]
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4楼2014-05-26 18:31:04
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