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会飞的青菜妹

木虫 (小有名气)

[求助] 不知道选怎样的序列进行系统发育树的构建,选多少? 已有4人参与

已经16S rDNA 测序,然后在NCBI进行比对,但是不知道选怎样的序列进行系统发育树的构建,选多少?
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
看NCBI比对结果,如果绝大多数,比如,前一二十个都是一个属的,相似度也很高,原则上,调取本属全部序列画树即可,为了树形稳定,可以加上邻近属的典型种作为外群(outgroup)。
如果是属,就比较麻烦了,建议你先看看推荐的帖子
2楼2014-05-26 10:21:14
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会飞的青菜妹

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by dllchina at 2014-05-26 10:21:14
看NCBI比对结果,如果绝大多数,比如,前一二十个都是一个属的,相似度也很高,原则上,调取本属全部序列画树即可,为了树形稳定,可以加上邻近属的典型种作为外群(outgroup)。
如果是属,就比较麻烦了,建议你先 ...

如果是属,就比较麻烦,这什么意思,鉴定出来比对,都查的是属啊
3楼2014-05-26 17:18:31
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 会飞的青菜妹 at 2014-05-26 17:18:31
如果是属,就比较麻烦,这什么意思,鉴定出来比对,都查的是属啊...

意思是离得最近的是不同属的,考虑是新属,画树就稍微麻烦点,不过嘛是相对新种说的

[ 发自小木虫客户端 ]
4楼2014-05-26 18:31:04
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会飞的青菜妹

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by dllchina at 2014-05-26 18:31:04
意思是离得最近的是不同属的,考虑是新属,画树就稍微麻烦点,不过嘛是相对新种说的
...

奥,谢谢啦
5楼2014-05-27 15:11:30
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20093651

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
dllchina: 金币+2, 鼓励应助 2014-05-27 18:41:44
在NCBI上的序列质量不高哈,建议去http://www.ezbiocloud.net/ 比对,这上面都是有效序列,会对你选择序列有很大帮助,祝好
但行好事,莫问前程
6楼2014-05-27 16:18:58
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖


会飞的青菜妹: 金币+1 2014-06-20 13:56:23
补充一句,EZBIOCLOUd列上去的都是发表中,有时候In press分类单元也会列上,比较权威,韩国prof.chun 的chunlab旗下服务器,看NCBI的一个重要性在于看你的竞争对手有多少,现在新种也不是那么容易发了,经常你刚做完,别人发表,你的就无效了
7楼2014-05-27 18:43:30
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
dllchina: 金币+2, 鼓励应助 2014-05-28 16:17:59
会飞的青菜妹: 金币+1 2014-06-20 13:56:13
需要选择标准菌株,请参考数据库LPSN:http://www.bacterio.net/index.html
做一个阳光、开朗的小和尚
8楼2014-05-28 10:03:28
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会飞的青菜妹

木虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 20093651 at 2014-05-27 16:18:58
在NCBI上的序列质量不高哈,建议去http://www.ezbiocloud.net/ 比对,这上面都是有效序列,会对你选择序列有很大帮助,祝好

这个怎么比对啊
9楼2014-06-20 13:58:12
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Longnil

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我们都是选择18或19个左右就可以
lifeisbeautiful
10楼2015-03-30 16:15:59
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