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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 系统发育树构建
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zhang860215

金虫 (正式写手)

[求助] 系统发育树构建

各位高人：
     本人鉴定出一株菌构建出的发育树想当不理想，不知是什么原因，能有那位高人帮我构建一下，主要是急需，来不急一点点找原因，先把结果弄好，我后面再学习，有能构建的我发相关序列给你，谢谢了！
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幸福，就是找一个温暖的人过一辈子。
1楼2013-01-04 19:51:43
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joy_zuer

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你需要用什么方法或软件构建？mega行不行？
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3楼2013-01-04 20:52:51
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joy_zuer

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

发给我，我帮你弄一下试一试
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6楼2013-01-05 12:11:42
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joy_zuer

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

大肠杆菌就是种吧？只不过是不同的strain菌株。
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15楼2013-01-06 11:05:11
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joy_zuer

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

你要说明你做这个图是干什么用的，要求是什么？需要达到什么目的？
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16楼2013-01-06 11:08:26
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joy_zuer

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by zhang860215 at 2013-01-05 17:19:28
我自己构建的发育树.docx(22.46KB)
http://kuai.xunlei.com/d/LnU4DQ-L9u-nUAQA4bb?p=130497
我自己构建的发育树.docx(22.46KB)
http://kuai.xunlei.com/d/LnU4DQ-L9u-nUAQA4bb?p=130497...

uncultured organism说的是不能体外培养的生物。这种菌一般是在其他生物体内共生的共生细菌。应该也是属于大肠杆菌的一种。
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17楼2013-01-06 11:11:46
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joy_zuer

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
19楼: Originally posted by zhang860215 at 2013-01-06 13:19:31
那比对出来就是所有的都是大肠杆菌的了，不知道是不是这个原因做出的树不是很美观，可以在修改的美观点吗，因为自己不是很懂所以请教一下...

因为你选择的都是最近源的大肠杆菌，他们的亲缘关系很近，所以建的树就是这样的。

选择序列的话，我认为，下载的序列最好是已经发表过文章的，从文章里面去找这个序列具体是什么。另外，要想所谓的“图漂亮”，我想需要找一些亲缘关系远一点的物种，这样可能会好一些。
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24楼2013-01-06 14:33:04
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joy_zuer

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
27楼: Originally posted by zhang860215 at 2013-01-06 17:20:11
那我比对出来的都是大肠杆菌的，还可以选不是比对出来的菌株吗？...

当然可以。你可以查一下参考文献，看看别人用的哪些种建树的
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28楼2013-01-06 17:33:18
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joy_zuer

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

给你一篇文献，你看看，你是不是想建类似里面的那种图？
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29楼2013-01-06 17:49:25
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joy_zuer

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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zhang860215: 金币+150, ★★★很有帮助 2013-01-06 18:56:26
给你一篇文献，你看看，你是不是想建类似里面的那种图？
PNAS-2012-Kitahara-19220-5.pdf(930.55KB)
http://kuai.xunlei.com/d/LnU4DZPazkjpUAQA7cc?p=130497
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30楼2013-01-06 17:51:00
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