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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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zhang860215

金虫 (正式写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by jiangronglu at 2013-01-05 23:59:13
什么情况？可能是你选用的其他序列不一定相似对差，可以直接在NCBI上操作。如果想保密自己的序列，你可以下载一个MEGA 5.0就可以了。楼主你选用的其他比对的序列不对，应该选择不同种属的，要有差异，这样看起来比较 ...

就是我比对出来的所有菌株都是哪一个属的，没有不同种属的
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幸福，就是找一个温暖的人过一辈子。
21楼2013-01-06 13:25:30
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zhang860215

金虫 (正式写手)
引用回帖:
18楼: Originally posted by xj8442cn at 2013-01-06 13:04:56
能在详细些么？大概多少条？发下序列吧

我自己构建的发育树.doc(47.5KB)
http://kuai.xunlei.com/d/LnU4DQzWMgvpUAQA6e8?p=130497
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幸福，就是找一个温暖的人过一辈子。
22楼2013-01-06 13:27:27
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elbo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

当然需要BLAST比对出来相似性比较高的序列，还要有差异比较大的序列。要多看几篇类似的文章，看人家是怎么选择的序列。
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23楼2013-01-06 13:49:13
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joy_zuer

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
19楼: Originally posted by zhang860215 at 2013-01-06 13:19:31
那比对出来就是所有的都是大肠杆菌的了，不知道是不是这个原因做出的树不是很美观，可以在修改的美观点吗，因为自己不是很懂所以请教一下...

因为你选择的都是最近源的大肠杆菌，他们的亲缘关系很近，所以建的树就是这样的。

选择序列的话，我认为，下载的序列最好是已经发表过文章的，从文章里面去找这个序列具体是什么。另外，要想所谓的“图漂亮”，我想需要找一些亲缘关系远一点的物种，这样可能会好一些。
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24楼2013-01-06 14:33:04
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xj8442cn

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
22楼: Originally posted by zhang860215 at 2013-01-06 13:27:27
我自己构建的发育树.doc(47.5KB)
http://kuai.xunlei.com/d/LnU4DQzWMgvpUAQA6e8?p=130497...

多选些序列吧，近缘太多了，要做什么呢？鉴定还是进化？
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25楼2013-01-06 15:26:27
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zhang860215

金虫 (正式写手)
引用回帖:
25楼: Originally posted by xj8442cn at 2013-01-06 15:26:27
多选些序列吧，近缘太多了，要做什么呢？鉴定还是进化？...

比对出来的所有菌都是那个属的，所以进化树就不太正常，还有可能调整的更美观点吗
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幸福，就是找一个温暖的人过一辈子。
26楼2013-01-06 17:18:35
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zhang860215

金虫 (正式写手)
引用回帖:
24楼: Originally posted by joy_zuer at 2013-01-06 14:33:04
因为你选择的都是最近源的大肠杆菌，他们的亲缘关系很近，所以建的树就是这样的。

选择序列的话，我认为，下载的序列最好是已经发表过文章的，从文章里面去找这个序列具体是什么。另外，要想所谓的“图漂亮”， ...

那我比对出来的都是大肠杆菌的，还可以选不是比对出来的菌株吗？
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幸福，就是找一个温暖的人过一辈子。
27楼2013-01-06 17:20:11
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joy_zuer

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
27楼: Originally posted by zhang860215 at 2013-01-06 17:20:11
那我比对出来的都是大肠杆菌的，还可以选不是比对出来的菌株吗？...

当然可以。你可以查一下参考文献，看看别人用的哪些种建树的
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28楼2013-01-06 17:33:18
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joy_zuer

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

给你一篇文献，你看看，你是不是想建类似里面的那种图？
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29楼2013-01-06 17:49:25
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joy_zuer

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
zhang860215: 金币+150, ★★★很有帮助 2013-01-06 18:56:26
给你一篇文献，你看看，你是不是想建类似里面的那种图？
PNAS-2012-Kitahara-19220-5.pdf(930.55KB)
http://kuai.xunlei.com/d/LnU4DZPazkjpUAQA7cc?p=130497
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30楼2013-01-06 17:51:00
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