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zhang860215

金虫 (正式写手)

引用回帖:
13楼: Originally posted by jiangronglu at 2013-01-05 23:59:13
什么情况?可能是你选用的其他序列不一定相似对差,可以直接在NCBI上操作。如果想保密自己的序列,你可以下载一个MEGA 5.0就可以了。楼主你选用的其他比对的序列不对,应该选择不同种属的,要有差异,这样看起来比较 ...

就是我比对出来的所有菌株都是哪一个属的,没有不同种属的
幸福,就是找一个温暖的人过一辈子。
21楼2013-01-06 13:25:30
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zhang860215

金虫 (正式写手)

引用回帖:
18楼: Originally posted by xj8442cn at 2013-01-06 13:04:56
能在详细些么?大概多少条?发下序列吧

我自己构建的发育树.doc(47.5KB)
http://kuai.xunlei.com/d/LnU4DQzWMgvpUAQA6e8?p=130497
幸福,就是找一个温暖的人过一辈子。
22楼2013-01-06 13:27:27
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elbo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

当然需要BLAST比对出来相似性比较高的序列,还要有差异比较大的序列。要多看几篇类似的文章,看人家是怎么选择的序列。
23楼2013-01-06 13:49:13
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joy_zuer

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
19楼: Originally posted by zhang860215 at 2013-01-06 13:19:31
那比对出来就是所有的都是大肠杆菌的了,不知道是不是这个原因做出的树不是很美观,可以在修改的美观点吗,因为自己不是很懂所以请教一下...

因为你选择的都是最近源的大肠杆菌,他们的亲缘关系很近,所以建的树就是这样的。

选择序列的话,我认为,下载的序列最好是已经发表过文章的,从文章里面去找这个序列具体是什么。另外,要想所谓的“图漂亮”,我想需要找一些亲缘关系远一点的物种,这样可能会好一些。
24楼2013-01-06 14:33:04
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xj8442cn

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
22楼: Originally posted by zhang860215 at 2013-01-06 13:27:27
我自己构建的发育树.doc(47.5KB)
http://kuai.xunlei.com/d/LnU4DQzWMgvpUAQA6e8?p=130497...

多选些序列吧,近缘太多了,要做什么呢?鉴定还是进化?
25楼2013-01-06 15:26:27
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zhang860215

金虫 (正式写手)

引用回帖:
25楼: Originally posted by xj8442cn at 2013-01-06 15:26:27
多选些序列吧,近缘太多了,要做什么呢?鉴定还是进化?...

比对出来的所有菌都是那个属的,所以进化树就不太正常,还有可能调整的更美观点吗
幸福,就是找一个温暖的人过一辈子。
26楼2013-01-06 17:18:35
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zhang860215

金虫 (正式写手)

引用回帖:
24楼: Originally posted by joy_zuer at 2013-01-06 14:33:04
因为你选择的都是最近源的大肠杆菌,他们的亲缘关系很近,所以建的树就是这样的。

选择序列的话,我认为,下载的序列最好是已经发表过文章的,从文章里面去找这个序列具体是什么。另外,要想所谓的“图漂亮”, ...

那我比对出来的都是大肠杆菌的,还可以选不是比对出来的菌株吗?
幸福,就是找一个温暖的人过一辈子。
27楼2013-01-06 17:20:11
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joy_zuer

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
27楼: Originally posted by zhang860215 at 2013-01-06 17:20:11
那我比对出来的都是大肠杆菌的,还可以选不是比对出来的菌株吗?...

当然可以。你可以查一下参考文献,看看别人用的哪些种建树的
28楼2013-01-06 17:33:18
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joy_zuer

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

给你一篇文献,你看看,你是不是想建类似里面的那种图?
29楼2013-01-06 17:49:25
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joy_zuer

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
zhang860215: 金币+150, ★★★很有帮助 2013-01-06 18:56:26
给你一篇文献,你看看,你是不是想建类似里面的那种图?
PNAS-2012-Kitahara-19220-5.pdf(930.55KB)
http://kuai.xunlei.com/d/LnU4DZPazkjpUAQA7cc?p=130497
30楼2013-01-06 17:51:00
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