【答案】应助回帖

幸福，就是找一个温暖的人过一辈子。

21楼2013-01-06 13:25:30

zhang860215

金虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1469.8
散金: 49
红花: 7
帖子: 388
在线: 407.4小时
虫号: 1212656
注册: 2011-02-25
性别: MM
专业: 环境微生物学

引用回帖:

18楼: Originally posted by xj8442cn at 2013-01-06 13:04:56
能在详细些么？大概多少条？发下序列吧

我自己构建的发育树.doc(47.5KB)
http://kuai.xunlei.com/d/LnU4DQzWMgvpUAQA6e8?p=130497

幸福，就是找一个温暖的人过一辈子。

22楼2013-01-06 13:27:27

elbo

金虫 (小有名气)

应助: 18 (小学生)
金币: 1003.7
散金: 468
红花: 2
帖子: 231
在线: 119.9小时
虫号: 954540
注册: 2010-02-10
性别: GG
专业: 微生物生态学

【答案】应助回帖

当然需要BLAST比对出来相似性比较高的序列，还要有差异比较大的序列。要多看几篇类似的文章，看人家是怎么选择的序列。

23楼2013-01-06 13:49:13

joy_zuer

木虫 (正式写手)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 2977
散金: 110
红花: 1
帖子: 357
在线: 157.6小时
虫号: 502012
注册: 2008-02-14
专业: 昆虫学

【答案】应助回帖

引用回帖:

19楼: Originally posted by zhang860215 at 2013-01-06 13:19:31
那比对出来就是所有的都是大肠杆菌的了，不知道是不是这个原因做出的树不是很美观，可以在修改的美观点吗，因为自己不是很懂所以请教一下...

因为你选择的都是最近源的大肠杆菌，他们的亲缘关系很近，所以建的树就是这样的。

选择序列的话，我认为，下载的序列最好是已经发表过文章的，从文章里面去找这个序列具体是什么。另外，要想所谓的“图漂亮”，我想需要找一些亲缘关系远一点的物种，这样可能会好一些。

24楼2013-01-06 14:33:04

xj8442cn

铜虫 (初入文坛)

应助: 3 (幼儿园)
金币: 353.8
帖子: 38
在线: 5.7小时
虫号: 1877528
注册: 2012-07-03
专业: 基因组学

【答案】应助回帖

引用回帖:

22楼: Originally posted by zhang860215 at 2013-01-06 13:27:27
我自己构建的发育树.doc(47.5KB)
http://kuai.xunlei.com/d/LnU4DQzWMgvpUAQA6e8?p=130497...

多选些序列吧，近缘太多了，要做什么呢？鉴定还是进化？

25楼2013-01-06 15:26:27

zhang860215

金虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1469.8
散金: 49
红花: 7
帖子: 388
在线: 407.4小时
虫号: 1212656
注册: 2011-02-25
性别: MM
专业: 环境微生物学

引用回帖:

25楼: Originally posted by xj8442cn at 2013-01-06 15:26:27
多选些序列吧，近缘太多了，要做什么呢？鉴定还是进化？...

比对出来的所有菌都是那个属的，所以进化树就不太正常，还有可能调整的更美观点吗

幸福，就是找一个温暖的人过一辈子。

26楼2013-01-06 17:18:35

zhang860215

金虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1469.8
散金: 49
红花: 7
帖子: 388
在线: 407.4小时
虫号: 1212656
注册: 2011-02-25
性别: MM
专业: 环境微生物学

引用回帖:

24楼: Originally posted by joy_zuer at 2013-01-06 14:33:04
因为你选择的都是最近源的大肠杆菌，他们的亲缘关系很近，所以建的树就是这样的。

选择序列的话，我认为，下载的序列最好是已经发表过文章的，从文章里面去找这个序列具体是什么。另外，要想所谓的“图漂亮”， ...

那我比对出来的都是大肠杆菌的，还可以选不是比对出来的菌株吗？

幸福，就是找一个温暖的人过一辈子。

27楼2013-01-06 17:20:11

joy_zuer

木虫 (正式写手)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 2977
散金: 110
红花: 1
帖子: 357
在线: 157.6小时
虫号: 502012
注册: 2008-02-14
专业: 昆虫学

【答案】应助回帖

引用回帖:

27楼: Originally posted by zhang860215 at 2013-01-06 17:20:11
那我比对出来的都是大肠杆菌的，还可以选不是比对出来的菌株吗？...

当然可以。你可以查一下参考文献，看看别人用的哪些种建树的

28楼2013-01-06 17:33:18

joy_zuer

木虫 (正式写手)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 2977
散金: 110
红花: 1
帖子: 357
在线: 157.6小时
虫号: 502012
注册: 2008-02-14
专业: 昆虫学

【答案】应助回帖

给你一篇文献，你看看，你是不是想建类似里面的那种图？

29楼2013-01-06 17:49:25

joy_zuer

木虫 (正式写手)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 2977
散金: 110
红花: 1
帖子: 357
在线: 157.6小时
虫号: 502012
注册: 2008-02-14
专业: 昆虫学

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
zhang860215: 金币+150, ★★★很有帮助 2013-01-06 18:56:26

给你一篇文献，你看看，你是不是想建类似里面的那种图？
PNAS-2012-Kitahara-19220-5.pdf(930.55KB)
http://kuai.xunlei.com/d/LnU4DZPazkjpUAQA7cc?p=130497

30楼2013-01-06 17:51:00